sars-cov-2-variants
There are 2 repositories under sars-cov-2-variants topic.
neherlab / SARS-CoV-2_variant-reports
Informal summaries of notable SARS-CoV-2 lineages
sars-cov-2-variants / lineage-proposals
Repository to propose and discuss lineages
Language:Python 39broadinstitute / bvas
bvas: bayesian viral allele selection
Language:Python 83dgiordano / SARS-CoV-2-Variants
This project tries to give a glimpse of the different variants of SAR-CoV-2 in the world.
Language:Python 7nextstrain / forecasts-ncov
SARS-CoV-2 variant growth rates and frequency forecasts
Language:Python 6CovSeqCH / SequencingStats_and_Variants
Download raw data and turn it into useful dataset
Language:Python 5- VariantHunter
DEIB-GECO / VariantHunter
VariantHunter is a tool for fast detection of emerging SARS-CoV-2 variants. It's an highly flexible and user friendly application for the systematic monitoring of the evolution of SARS-CoV-2 both at global and regional level.
Language:Vue 5 GiancarloCroce / DCA_SARS-CoV-2
Epistatic models predict mutable sites in SARS-CoV-2 proteins and epitopes
Language:Jupyter Notebook 3- Language:Python 2
Spike-only SARS-CoV-2 Nextstrain build
Language:Python 2gencorefacility / MAD
Minor Allele Detection Pipeline for SARS-CoV2
Language:Python 1sequence-review / sars-cov-2
Repository to discuss SARS-CoV-2 sequence quality
bulovka / sars-cov-2-mutation-reports
Datové sady mutací viru Sars-Cov-2 zjištěných Diskriminačními RT-PCR testy v ČR a to převážně z laboratoří ve FNB.
0charlesfoster / deletion_detector
A simple program that uses parallel processing to detect deletions in fasta files relative to a reference genome.
Language:Python 0InstitutoTodosPelaSaude / respat
Pipeline for analyses of multiple pathogens, like SARS-CoV-2 with positivity rate analyses
Language:Python 0PRO-OC / stats-mutations-and-lineages
Zobrazuje data pocházející z období 1.9.2021 - 8.2.2022 z VFN a FNB (Delta podzim a Omikron počátek roku). Data obsahují detekované mutace diskriminačními PCR testy, jejich rozložení v čase a srovnání s celogenomově sekvenovanými vzorky ze stejného období co se týče pohlaví.
0MDU-PHL / covid-venn
Shiny app for creating Venn diagrams of SARS-CoV-2 variant/lineage mutations.
Language:RRozšíření do prohlížeče obsahující automatický skript vypisující všechny odhalené mutace.
Language:JavaScriptDatové sady mutací viru Sars-Cov-2 zjištěných Diskriminačními RT-PCR testy v ČR a to převážně z laboratoří ve VFN.
Language:Shell