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整理常用的群体遗传学分析流程和脚本

Work_flow_of_population_genetics

记录相关流程和脚本方便自己和大家参考，佛系更新，独木难支，欢迎志同道合的小伙伴加入！

这个repo已经开通Discussion版块，希望可以成为大家学习交流的平台

贡献者们

下一步

• 测试和更新bwa-mem2/minimap2比对流程
• 测试和更新二代测序SV鉴定流程

下亿步

• 下一步：将一些流程写为snakemake workflow
  • SNP calling Snakemake 流程已经完成
• 下一步：将以下一些流程装进conda

更新记录

• 2022.5.16 更新了使用二代测序数据检测结构变异的流程，基本思路是使用不同软件对每个个体的SV进行鉴定，然后将SV全部合并为一个文件，之后再根据所有样本的比对结果确定SV的基因型。感谢兰州大学博士研究生安绚的整理。
• 2024.1.19 感觉国外念个书人念癫了，后面更多更新一下相关流程里面踩的坑吧，随便写写。老外科研发达的原因我感觉是：国内：我算了个表示分化的Fst；国外：Fst什么原理？为什么在这个场合下用Fst？Fst比其他参数好在哪里？
• 2024.5.30 开坑--泛基因组生成和变异鉴定；现有的泛基因组组装方法分为三类：1）通过 genome progressive alignment得到的图形泛基因组；2）De novo注释一组基因组的编码基因，然后通过比较得到基因集合；3）组装完一个参考基因组以后，通过不断比对WGS样本，将未比对上的序列作为参考序列进行下一轮比对。这里是我正在用的第一种方法，代表工具是cactus和vg

目录

• 生物信息工具——我的关注

• 常用数据处理Tips

• 重测序和群体遗传

  • 变异鉴定和变异特征 (snakemake自动化)
    • 序列过滤和比对
      • Nanopore测序结果过滤:Nanoflt
      • Nanopore测序结果可视化:NanoPlot
    • 获得遗传变异信息以及质量控制
    • 比对特征统计
  • VCF文件注释 (@Weihan Zhang)
  • 群体历史推测
    • MSMC算法
    • PSMC算法
  • 群体关系计算
    • King计算个体间亲缘关系
    • PCA分析群体结构

• 泛基因组组装和变异检测

• 结构变异检测和群体遗传

  结构变异的检测，在模式生物中研究很多，很多结果也很漂亮，但是在非模式生物中尚未形和SNP一样的模式化流程，没有什么是“正确的”，我们只能尽量让它准确。流程也是我自己摸索的结果，仅供参考。

  • 二代测序 结构变异检测

  • 三代测序 结构变异检测

    • 我之前用过的
    • 2024.1 -- 现在我觉得还是得用sniffles2 这玩意简单，这儿没流程，bam直接vcf，需要用二代在群体genotyping的看看Graphtyper。注意假阳性，假阳性还是蛮高（蛮高哦）；对超大inversion感兴趣的还是用SNP做local PCA，或者两个高质量基因组比对--我目前自己在做这个，等发出来了（？）写个中文版本，在这之前想要流程给我写个邮件？

    基于三代SV的结构变异鉴定可以参考Jasmine。我一直关注它从一个小工具成长为一个完整的流程，但是未能自己尝试使用，使用后可以更新流程。 （2024.1 -- 我好久不用了）

• Nanopore测序数据甲基化检测

• 植物基因组组装和个性化分析 (以花苜蓿基因组学研究为例)

  • 相关流程和命令行