mulatta / Bioinforamtics-Algorithm-practice

This repository contain the practices of "Bioinformatics Algorithm 3/e, Phillip Compeu, et al.,"

Bioinforamtics Algorithm practice

이 Repository는 생물정보학 알고리듬 3/e (필립 콤포, 파벨 페블즈너 저)의 학습 기록을 담고 있습니다.
책의 구성에 따라, 각 Chapter를 본문과 충전소의 2개 section으로 나누어 학습하였습니다.

이 Repository에서는 Rosalind Bioinformatics Textbook Track의 풀이에 대해 다루며, 상기 내용에 대한 상세한 기록은 블로그에서 다룹니다.

Rosalind의 기타 문제들에 대한 풀이는 Rosalind PS repo에서 다뤄집니다.

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목차

Chapter 1. DNA 복제는 유전체의 어디서부터 시작되는가?

본문

• 1A. PatternCount | code
• 1B. FrequentWords | code
• 1C. ReverseComplement | code
• 1D. findPatternIndices | code
• 1E. FindClumps | code
• 1F. MinimizeSkew | code
• 1G. HammingDistance | code
• 1H. ApproximatePatternCount | code
• 1I. findMostFrequentPatternWithMismatches | code
  • 연습문제: Count_d(Text, Pattern)의 구현 및 실행
• 1J. findMostFrequentPatternWithMismatches | code

충전소

• 빈도 배열
  • 1K. ComputingFrequencies | code
  • FasterFrequentWords
• 패턴과 숫자를 서로 변환하기
  • 1L. PatternToNumber | code
  • 1M. NumberToPattern | code
• 정렬을 사용해 빈번한 단어 찾기
  • FindingFrequentWordsBySorting
• 군집 찾기 문제 해결
  • ClumpFinding
  • BetterClumpFinding
• 미스매치를 포함한 자주 나오는 단어 문제 해결
  • ComputingFrequenciesWithMismatches
• 문자열 이웃 생성
  • ImmediateNeighbors
  • 1N. Neighbors | code
  • IterativeNeighbors
• 정렬로 미스매치를 포함한 빈번한 단어 찾기
  • FindingFrequentWordsWithMismatchesBySorting