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肿瘤体细胞突变检测流程（组织、cfDNA均可，需要有对照）

somatic_pipeline

肿瘤体细胞突变检测流程（组织、重复DNA均可，需要有对照）

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        {体细胞突变检测流程}
特点：
1)使用sentieon TNscope流程，准确、高效、快速
2)关联cosmic、www.cancergenomeinterpreter.org靶药数据库
3)分析SV，常见的融合基因一目了然
4)分析CNV，可检测拷贝数变异


输入：fastq

输出：somatic_mut.xlsx/tsv,SV,CNV,QC metrics...

使用方法：
        perl /gpfs/users/yanghao/project/somatic_pipeline/somatic.sentieon.fq.pipeline.pl -t  -t1  -t2  -n  -n1  -n2  -b 

默认提交到cn-medium分区，如果没有资源了，你可以指定作业提交到cn-fast，如下所示：
        perl /gpfs/users/yanghao/project/somatic_pipeline/somatic.sentieon.fq.pipeline.pl -t  -t1  -t2  -n  -n1  -n2  -b  -part cn-fast

如果你想在比对前，对fastq文件做一个trimming，可以这样：
        perl /gpfs/users/yanghao/project/somatic_pipeline/somatic.sentieon.fq.pipeline.pl -t  -t1  -t2  -n  -n1  -n2  -b  -trim 1

Last Updated:2017/12/29

Change Log
2017/12/29
支持trim（可选的，只要用了-trim 1，就会trim）
fix了一些perl环境变量、还有mosdepth的问题

如果使用过程中发生任何问题，请联系[e-mail]

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