Protein Blender
In Blender v2.79 soll ein Addon eingebunden werden, welches die Visualisierung von Proteinstrukturen aus PDB-Dateien ermöglicht.
Installation
Um "Protein Blender" verwenden zu können, werden benötigt:
- Blender v2.79 (https://download.blender.org/release/Blender2.79/)
- Addon (pdb_addon.py)
- PDB-File
Ist das gewünschte PDB-File heruntergeladen und Blender installiert, kann das Addon in Blender unter:
File -> User Preferences -> Add-ons -> Install Add-on from File...
in dem entsprechenden Verzeichnis installiert werden. Um es zu Aktivieren, muss es in der Suchleiste unter "ProteinBlender" gesucht und anschließend ausgewählt werden.
Benutzeroberfläche
Das Addon ist nun links im 3D Panel zu finden und kann von da gesteuert werden.
Es existieren drei Optionen, um das gewünschte Protein darzustellen:
- Protein mit Van der Walls Radius --> Draw Protein Button
- Zeichnen der Backbone ohne Bonds --> Draw Backbone Button
- Zeichnen der Backbone mit Bonds --> Draw Backbone Button
Funktionsweise
Wird einer der Buttons betätigt, so öffnet sich ein File Browser und das gewünschte PDB-File kann ausgewählt werden.
Protein Blender liest nun das PDB-File aus und zeichnet für jedes Atom eine Kugel in der Größe seines Van der Waals Radiuses und färbt sie anschließend in den folgenden Farben ein.
- C - Schwarz
- N - Blau
- O - Rot
- S - Gelb
Achtung: Hat das Protein mehr als 1000 Atome rechnet das Programm 1 Minute und länger!
Wurde ein Protein gezeichnet, so sollte vor der erneuten Ausführung das alte Protein gelöscht werden, um Überschneidungen zu vermeiden.