- Repositório do projeto "Análise de Imagens Médicas Usando Aprendizado Profundo" que pode ser acessado em http://www.informatica.ufes.br/pt-br/pos-graduacao/PPGI/detalhes-do-projeto?id=9678.
Para mais informações envie um e-mail para sabrina.panceri@lcad.inf.ufes.br ou sabrinapanceri@gmail.com
- Ubuntu 16.04 LTS / 64bits
- CUDA 10.1
- Python 3.5.2
- Pip3
- Página oficial do Pip - https://pypi.org/project/pip/
- VirtualEnv
- Aconselhamos que utilize o VirtualEnv e crie um ambiente virtual específico para rodar esse projeto.
- Utilize o python3 para criar o ambiente virtual.
$ virtualenv -p /usr/bin/python3.5 ~/breast_cancer- Aqui tem um tutorial bem legal sobre o VirtualEnv
- Página oficial do VirtualEnv - https://pypi.org/project/virtualenv/
- Aconselhamos que utilize o VirtualEnv e crie um ambiente virtual específico para rodar esse projeto.
- Git
-Acesse o repositório que contém o Pytorch
git clone --recursive https://github.com/pytorch/pytorch
cd pytorch
git submodule sync
git submodule update --init --recursive
python setup.py install
-TorchVision requer PyTorch 1.4 ou um mais novo.
-Instalação pelo Pip:
pip install torchvision
-Pelo respositório:
python setup.py install
-
Clone esse repositório para seu computador
- Escolha o diretório onde deseja colocar o projeto e acesso o mesmo via terminal
git clone https://github.com/LCAD-UFES/cancerous_tissue_detection.git
-
Faça o download dos arquivos abaixo:
- Base CBIS-DDSM convertida em PNG (Arquivo CALC_CC_flipped_dataset.tar.gz)
- Base gerada manualmente (Arquivo manual_cropped_dataset.tar.gz)
- Descompactar os arquivos para cancerous_tissue_detection/dataset/
- Você pode usar a interface para fazer a descompactação dos arquivos.
- Ou, pelo terminal:
Acesse via terminal a pasta aonde você salvou os arquivos e execute o comando abaixo.
Comando em uma linha
Ou
tar -zxvf CALC_CC_flipped_dataset.tar.gz && tar -zxvf manual_cropped_dataset.tar.gztar -zxvf CALC_CC_flipped_dataset.tar.gz tar -zxvf manual_cropped_dataset.tar.gz
-
Via terminal, ative o ambiente virtual criado e acesse na pasta do projeto.
source ~/breast_cancer/bin/activate cd cancerous_tissue_detection
- Utilize o pip para instalar o requisitos necessários para rodar o projeto
pip install --no-cache -r requirements.txt
-
Ainda na pasta do projeto, acesse o diretório onde se encontra o script.
cd src/squeezenet -
Agora, execute o script da rede com os parâmetros desejados.
python squeezenet.py --root /home/your_user --batch 128 --accum 1 --epochs 100 --saves 1 --lr 0.0004 --endLR 7 --decayRate 2 --stepSize 5 --shuffle 1 --initModel /home/your_user/cancerous_tissue_detection/src/squeezeNet/runs_manual_cropped_dataset
-
Parâmetros, passados por linha de comando no exemplo anterior, da rede
-
--root caminho até o local onde está o dirtório do projeto.
--root /home/your_user -
--batch representa a quantidade de imagens que serão analisadas juntas.
--batch 128 -
--accum representa quantas vezes você deseja acumular os valores resultantes da análise do batch. Se --accum 2, significa que o valor resultante da análise será o equivalente a batch x 2.
--accum 1 -
--epochs representa a quantidade de épocas para análise do conjunto de treino.
--epochs 100 -
--saves representa a quantidade de check points que você deseja salvar a cada época.
--saves 1 -
--lr representa a taxa de aprendizado inicial da rede. Este valor é utilizado para atualizar o valor das sinapses e dos neurônios da rede.
--lr 0.0004 -
--endLR representa em qual época será finalizada a diminuição do valor da taxa de aprendizado.
--endLR 7 -
--decayRate representa o valor pelo qual a taxa de aprendizado será dividida a cada decaimento.
--decayRate 2 -
--stepSize representa a quantidade de épocas necessárias para fazer a atualização da taxa de aprendizado.
--stepSize 2 -
--shuffle usar como 1 apenas no primeiro treino. Nos demais, usar 0.
--shuffle 1 -
--initModel o caminho absoluto da pasta onde você quer salvar a pasta do treino
--initModel /home/your_user/cancerous_tissue_detection/src/squeezeNet/runs_manual_cropped_dataset- O ajuste destes hiperparâmetros são essenciais para melhorar o aprendizado da rede.
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- Todo treinamento cria uma pasta squeezenet1_1/{numero} dentro do caminho indicado no parâmetro --initModel.
- Dentro da pasta squeezenet1_1, são criadas pasta para cada treino realizado. Essas pastas são criadas em ordem numérica e crescente. Logo, caso você apague algum pasta e esta não seja a última, a próxima pasta receberá o número da que você apagou.
- A pasta de cada treino contém:
- pasta models = contém todos os pesos salvos durante o treinamento. Subir para o git o peso que tiver a maior acurácia média no conjunto de validação. Este será o peso utilizado para fazer as inferências no conjunto de teste.
- classification_error.txt = Este arquivo contém o nome de todas as imagens que não foram classificadas corretamente pela rede durante o cálculo das matrizes de confusão. É um arquivo pesado, portanto, não sincronizado para o git.
- loss_log.txt - Contém a informação, da "loss do batch" e o "step" a que ela se refere. Ao final de cada época está o valor da Learning_Rate impresso.
- results.txt = Contém todas as matrizes de confusão calculas sobre o conjunto de validação completo. As matrizes de confusão calculas ao salvar cada modelo da rede, ou seja, a cada check point e ao final de cada época.
- training_dataset.txt - Contém o caminho absoluto das imagens na ordem em que elas foram inseridas na rede.
- training_log.txt - Contém todas as informações de acerto ou erro para cada imagem que compõe o batch. Essa informação é calculada com base na classe de cada imagem e na inferência a rede fez sobre cada imagem.
- treinamento_... .py = É a cópia fiel do script que foi executado para realizar o treinamento. Dessa forma, os valores dos hiperparâmetros e demais configurações ficam salvas.