Document written by Adrián Diaz & David Bickel.
This practical course consists in 3 sessions of 2 hours each based in Jupyter Notebook files.
- Day 1: AlphaFold predictions
- Day 2 & 3: MD Simulations
- 1_prepare_input
- 2_equilibration
- 3_production
- 4_analysis
To get a copy of this repository, please follow these steps inside a terminal session:
# Change the current directory to your VSC SCRATCH directory
cd $VSC_SCRATCH
# Download course files from GitHub
git clone https://github.com/Bio2Byte/structbio.git
# Create a softlink of the directory inside your VSC HOME directory
sh structbio/hydra_setup.sh.
├── 1_alphafold
│ ├── examples
│ │ ├── ccdb_ccdb
│ │ │ ├── 1VUB_1_CCDB_CCDB_PAE.png
│ │ │ ├── 1VUB_1_CCDB_CCDB_plddt.png
│ │ │ └── dimer_ccdB_ccbB_relaxed_rank_1_model_5.pdb
│ │ ├── ccdb_ccdb_ccda
│ │ │ ├── ccdb_ccdb_ccda_41a4b_relaxed_rank_1_model_4.pdb
│ │ │ ├── multimer_ccdB_ccdB_ccdA_PAE.png
│ │ │ └── multimer_ccdB_ccdB_ccdA_pLDDT.png
│ │ └── ccdb_ccdb_gyr_gyr
│ │ ├── multimer_ccdB_ccdB_gyrA_gyrA.a3m
│ │ ├── multimer_ccdB_ccdB_gyrA_gyrA_coverage.png
│ │ ├── multimer_ccdB_ccdB_gyrA_gyrA.done.txt
│ │ ├── multimer_ccdB_ccdB_gyrA_gyrA_PAE.png
│ │ ├── multimer_ccdB_ccdB_gyrA_gyrA_plddt.png
│ │ ├── multimer_ccdB_ccdB_gyrA_gyrA_predicted_aligned_error_v1.json
│ │ ├── multimer_ccdB_ccdB_gyrA_gyrA_relaxed_rank_1_model_3.pdb
│ │ ├── multimer_ccdB_ccdB_gyrA_gyrA_relaxed_rank_2_model_1.pdb
│ │ ├── multimer_ccdB_ccdB_gyrA_gyrA_relaxed_rank_3_model_2.pdb
│ │ ├── multimer_ccdB_ccdB_gyrA_gyrA_relaxed_rank_4_model_5.pdb
│ │ ├── multimer_ccdB_ccdB_gyrA_gyrA_relaxed_rank_5_model_4.pdb
│ │ ├── multimer_ccdB_ccdB_gyrA_gyrA_template_domain_names.json
│ │ ├── multimer_ccdB_ccdB_gyrA_gyrA_unrelaxed_rank_1_model_3.pdb
│ │ ├── multimer_ccdB_ccdB_gyrA_gyrA_unrelaxed_rank_1_model_3_scores.json
│ │ ├── multimer_ccdB_ccdB_gyrA_gyrA_unrelaxed_rank_2_model_1.pdb
│ │ ├── multimer_ccdB_ccdB_gyrA_gyrA_unrelaxed_rank_2_model_1_scores.json
│ │ ├── multimer_ccdB_ccdB_gyrA_gyrA_unrelaxed_rank_3_model_2.pdb
│ │ ├── multimer_ccdB_ccdB_gyrA_gyrA_unrelaxed_rank_3_model_2_scores.json
│ │ ├── multimer_ccdB_ccdB_gyrA_gyrA_unrelaxed_rank_4_model_5.pdb
│ │ ├── multimer_ccdB_ccdB_gyrA_gyrA_unrelaxed_rank_4_model_5_scores.json
│ │ ├── multimer_ccdB_ccdB_gyrA_gyrA_unrelaxed_rank_5_model_4.pdb
│ │ └── multimer_ccdB_ccdB_gyrA_gyrA_unrelaxed_rank_5_model_4_scores.json
│ ├── structbio2022_day01_part01.ipynb
│ └── structbio2022_day01_part02.ipynb
├── 2_moldynamics
│ ├── 1_prepare_input
│ │ ├── add_ions.mdp
│ │ ├── charmm36-feb2021.ff
│ │ │ ├── atomtypes.atp
│ │ │ ├── cmap.itp
│ │ │ ├── ffbonded.itp
│ │ │ ├── ffnonbonded.itp
│ │ │ ├── forcefield.doc
│ │ │ ├── forcefield.itp
│ │ │ ├── gb.itp
│ │ │ ├── ions.itp
│ │ │ ├── merged.arn
│ │ │ ├── merged.c.tdb
│ │ │ ├── merged.hdb
│ │ │ ├── merged.n.tdb
│ │ │ ├── merged.r2b
│ │ │ ├── merged.rtp
│ │ │ ├── merged.vsd
│ │ │ ├── nbfix.itp
│ │ │ ├── old_c36_cmap.itp
│ │ │ ├── spce.itp
│ │ │ ├── spc.itp
│ │ │ ├── tip3p.itp
│ │ │ ├── tip4p.itp
│ │ │ └── watermodels.dat
│ │ └── preparation.ipynb
│ ├── 2_equilibration
│ │ ├── 01_min_all.mdp
│ │ ├── 02_nvt_heat.mdp
│ │ ├── 03_npt_equi.mdp
│ │ ├── equilibration.ipynb
│ │ ├── mdrun_02_nvt_heat.slrm
│ │ └── mdrun_03_npt_equi.slrm
│ ├── 3_production
│ │ ├── mdrun.slrm
│ │ └── npt_pme.mdp
│ └── 4_analysis
│ ├── analysis1.ipynb
│ ├── analysis2.ipynb
│ └── dimer_analysis
│ ├── 1x75_superimposed.pdb
│ ├── 3hpw_superimposed.pdb
│ ├── blosum62.py
│ ├── dimer_analysis.py
│ ├── __init__.py
│ └── ndx_parser.py
├── hydra_setup.sh
└── README.md