git clone https://github.com/tings0802/python-file-io.git
file = open(filename, mode)r：讀取檔案，不能寫w：從頭開始寫入檔案，不能讀，若檔案不存在則創建檔案a：從尾開始寫入檔案，不能讀，若檔案不存在則創建檔案r+：讀取檔案，也可從頭寫入w+：從頭寫入，可讀，若檔案不存在則創建檔案a+：從尾寫入，可讀，若檔案不存在則創建檔案
使用完檔案物件之後一定要記得關閉檔案
file.close()若讀寫檔案時發生錯誤，程式會中斷，檔案未正常可能引起非預期的結果，因此檔案讀寫常搭配 try-except 做例外處理
try:
file = open(filename, mode)
# do something on the file
except IOError:
# do error handling
finally:
file.close()Python 提供另一種例外處理的寫法，當 with 區塊內的程式執行完畢或是執行到一半例外發生時，會自動幫我們關閉檔案，只需要一行程式碼，因此推薦使用這種寫法來進行檔案讀寫
with open(filename, mode) as file:
# do something on the file從檔案讀入內容，回傳字串
string = file.read(size)size: 讀取字元數，若未指定或給負數則讀取整個檔案
讀取整行，回傳字串 (包含換行符 '\n')
string = file.readline()讀取所有行，回傳 list，元素是每一行內容的字串 (包含換行符 '\n')
list_of_string = file.readlines()把字串寫入檔案，回傳寫入的字串長度
length = file.write(string)向文件寫入字串列表，如果需要換行則需要自己加換行符 '\n'
file.writelines(list_of_string)PDB file (Protein Data Bank) 是一種用來描述與記錄分子三維結構的純文字檔案格式，可以從 RCSB 蛋白質資料庫 下載
Topology file 則是定義胺基酸分子的組成、原子位置、鍵結方式及其他物理性質的純文字檔案格式
這個範例的目標是要寫一支 Python 程式，從 PDB 檔裡面讀取蛋白質分子的三維結構，然後從 Topology 檔讀取胺基酸的資訊，用來計算該分子的質心、分子量及慣性張量 (tensor)
你的工作是實作兩個函式 readPDB() 和 readTOP()，分別將 PDB file 和 Topology file 的內容讀入，並依照指定的格式回傳
首先進到 cmass 資料夾，會看到以下檔案：getdata.sh 式用來下載資料的腳本，cmass.py 是主要執行的程式，modules 內是用來計算和輸出結果的模組，solution.py 是實作檔案讀寫的檔案，請將你的程式碼寫在這裡
cmass
├── cmass.py
├── getdata.sh
├── modules
│ ├── calculate.py
│ ├── inspect.py
│ ├── read.py
│ └── test.py
└── solution.py # 寫這個檔案然後執行 getdata.sh 下載所需的 PDB 檔和 Topology 檔
./getdata.sh如果成功下載，會看到資料夾內多了這些檔案和資料夾
cmass/
├── cmass.py
+ ├── data.tar.gz
├── getdata.sh
├── modules
│ ├── calculate.py
│ ├── inspect.py
│ ├── read.py
│ └── test.py
+ ├── pdb
+ │ └── receptor5_Pemirolast.pdb
├── solution.py
+ └── topology
+ ├── top_all22_prot.rtf
+ ├── top_all35_ethers.rtf
+ ├── top_all36_carb.rtf
+ ├── top_all36_cgenff.rtf
+ ├── top_all36_lipid.rtf
+ ├── top_all36_na.rtf
+ └── top_all36_prot.rtf如果沒辦法順利下載，請從 這裡 下載 data.tar.gz 到 cmass 資料夾內，然後輸入以下指令解壓縮：
tar zxvf data.tar.gz接著就可以開始打開文字編輯器開始實作了
subl solution.py
# or
vim solution.py在 solution.py 裡面有三個函式，你只需要實作 readPDB() 和 readTOP() 即可，三個函式的都只有一個參數，且皆為讀檔路徑，下面說明實作細節
函式原型如下，接受一個字串作為參數，回傳一個二維串列
def readPDB(pfile):
''' read a pdb file and return coordinates of atoms (2D list) '''
atomicCoor = [] # [[name, x, y, z]]
# your code should be here
return atomicCoor觀察下載下來的 pdb/receptor5_Pemirolast.pdb，參考 PDB file format，將所有的 ATOM 讀入，依照以下格式，將每個原子的名稱和座標儲存在一個二維串列中作為函式的回傳值
[
[element_symbol, x_coordinate, y_coordinate, z coordinate],
[element_symbol, x_coordinate, y_coordinate, z coordinate],
[element_symbol, x_coordinate, y_coordinate, z coordinate],
# ...
[element_symbol, x_coordinate, y_coordinate, z coordinate],
]函式原型如下，接受一個字串作為參數，回傳一個字典
def readTOP(tfile):
''' read a topology file and return atomic masses (dict) '''
atomicMass = {} # {name: mass}
# your code should be here
return atomicMasstopology 檔裡面我們只需要各個原子的 MASS，觀察 topology 資料夾中的任一個檔案，將原子的名稱和原子量讀入，依照以下格式儲存在一個字典中並回傳
{
atom_name: atomic_mass,
atom_name: atomic_mass,
atom_name: atomic_mass,
# ...
atom_name: atomic_mass,
}寫好 solution.py 後，執行 cmass.py 來確認程式是否正常執行
./cmass.py若想確認答案是否正確，再次執行 cmass.py 並加上 --check 選項
./cmass.py --check查看程式的使用說明，請加上 --help 選項
./cmass.py --help如果結果正確，會輸出以下結果
[My answer]
center of mass: [0.0643, -0.0255, -0.1699]
molecular mass: 16473.4484
moment of inertia:
0.2061 2.6148 -0.2856
2.6148 33.5764 0.0222
-0.2856 0.0222 33.7776
[Your answer]
center of mass: [0.0643, -0.0255, -0.1699]
molecular mass: 16473.4484
moment of inertia:
0.2061 2.6148 -0.2856
2.6148 33.5764 0.0222
-0.2856 0.0222 33.7776
Congratulations! Your answer is correct!