ymtclpp は内部で ym-common という別のリポジトリを submodule として使っています． ymtclpp をただ git clone で持ってきた場合には ym-common が空のディレクトリになっていますので
$ git submodule init
$ git submodule updateで ym-common の中身を持ってくるようにしてください．
YmTclpp は Tcl の C++ ラッパクラスライブラリです． ビルドに関しては BUILDING ファイルを参照してください．