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Beta atoms based molecular generation

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BetaGen

Beta atoms based molecular generation

demo

  • demo_gen_progress.ipynb 中展示配体分子周围的beta原子,和作为训练样本的生成过程
  • 配体分子周围的beta原子:绿色游离的是挑选过的、至少是一个配体原子的最近邻的beta原子
  • 生成过程:按照离配体质心的距离,从内到外的确定性的顺序,每一步优先选择未focus过的、离质心最近的beta原子,生成该beta原子周围的所有配体原子之后,再focus下一个beta原子;生成的步数是 #配体原子数 - 1

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Beta atoms based molecular generation