Отчеты Fastqc:
Данные для SRR3414630_1 из второй домашки в первом семестре.
Per base sequence content
| SRR5836475_1 | SRR3414630_1 |
|---|---|
 |
 |
Из особенностей можем наблюдать, что графики выглядят совершенно по-разному:
D первом случае (SRR5836475_1) почти отсутствует Цитозин (C), по крайней мере его гораздо меньше чем в РНК, в отличие от Тимина (T) – его содержание, наоборот, больше, cодержание Гуанина (G) и Ацетозин (А) же примерно на равном уровне, по сравнению с РНК (SRR3414630_1).
Per sequence GC content
| SRR5836475_1 | SRR3414630_1 |
|---|---|
 |
 |
Видим, что на первом графике наблюдается нормальное распределение, однако немного смещенное.
(a), (b) Таблица с числм ридов, закартированных на участках 11347700-11367700; 40185800-40195800 и процентом дуплицированных прочтений для каждого образца
(d) M-bias plots
Можем сказать, что на графиках изображен уровень метилирования для каждой возможной позиции в прочтении. На данных графиках по оси y слева видно значение Methylation calls, справа - пропорцию метилирования. Поскольку у нас парно-концевая запись, то для каждого запуска представлено 2 разных графика.
| Read 1 | Read 2 |
|---|---|
 |
 |
| Read 1 | Read 2 |
|---|---|
 |
 |
| Read 1 | Read 2 |
|---|---|
 |
 |
(e) Гистограммы распределения метилирования цитозинов по хромосоме (код находится в colab)
по оси X процент метилированных цитозинов, по оси Y - частота.
| 8cell | epiblast | icm |
|---|---|---|
 |
 |
 |
Из графиков можно сделать вывод, что для каждого образца частота и процент метилированных цитозинов зависят по-разному. Для первого образца чаще всего метилируется 0%, почти в 40 процентов случаев. Для второго образца же, наоборот, чаще метилируется 100%, что достаточно хороший показатель, так как метилирование принимает участие в экспрессии гена. Ну и наконец третий образец, тут мы видим, что, чаще всего (почти в 60% случаев) метилируется 0% цитозинов.
(f) Визуализация уровеня метилирования и покрытия для каждого образца.
| Уровень метилирования | Уровень покрытия |
|---|---|
 |
 |