tanzicai / miRNA_TCGA_Analysis

使用edgeR包对TCGA中miRNA数据进行差异分析的整合代码

描述

Version0.1.0

本包主要目的对TCGA上面的miRNA基因进行差异基因分析。主要使用手段有：

1. 使用edgeR包推荐方法进行分析
2. 使用edgeR包推荐classic analysis method进行分析
3. 使用DESeq2包推荐方法进行分析
4. 使用limma包推荐方法进行分析
5. 使用ggplot绘制火山图
6. 使用ggplot绘制热图
7. 使用ggplot绘制PCA图（主成分分析图）
8. 使用edgeR绘制BCV图（生物学差异图）

version0.2.0

本包主要目的对TCGA上面的miRNA基因进行差异基因分析(集成)。主要使用手段有：

1. 使用edgeR包推荐方法进行分析
2. 使用edgeR包推荐classic analysis method进行分析
3. 使用DESeq2包推荐方法进行分析
4. 使用limma包推荐方法进行分析
5. 使用ggplot绘制火山图
6. 使用ggplot绘制热图
7. 使用ggplot绘制PCA图（主成分分析图）
8. 使用edgeR绘制BCV图（生物学差异图）

使用方法

• main() : 主要使用edgeR包进行经典基因差异分析。

• draw_pca(dat,group_list,path) : 绘制PCA分析图

• draw_heatmap(dat,group_list,path):绘制热图

• envirment() : 安装及检测本包所需要的环境

• autoAnalyssisSingleCancer(cancer_type) : 单癌症差异基因分析(包括DESeq2,edgeR,limma)

• autoAnalyssisByDESeq2AndedgeR(cancer_type) : 单癌症差异基因分析(包括DESeq2,edgeR)

• runByDEseq2AndEdgeRmain(cancer_type) : 单癌症差异基因分析(包括DESeq2,edgeR)

参数说明

• path 为解压后的数据的总文件

path = "C:\\Users\\tanzicai\\Downloads\\gdc_download_20210915_122538.396858"

• dat 列名时样本名，行名时探针名

dat = log(原始样本数据+1)

• group_list

经因子化后的分组信息表

• path 储存路径
• cancer_type

癌症类型:TCGA-KICH

安装方法

install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("tanzicai/miRNA_TCGA_Analysis/miRNADiff")
library(miRNADiff)