sotanengel / LAMMPS_ReaxFF_example

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概要

このリポジトリはLAMMPSでReaxFFを行うときのサンプルファイルです。 このリポジトリを使うと以下の系のシミュレーションを行うことができます。

• 水系(1000分子)
• エタノール系(1000分子)
• 水/エタノールの混合系(水1000分子+エタノール1分子)

Water Cell	Ethanol Cell

また今回利用したReaxFFのポテンシャルは以下の論文で開発されたものを利用した。

• Improvement of the ReaxFF Description for Functionalized Hydrocarbon/Water Weak Interactions in the Condensed Phase

実行方法

1.LAMMPSをダウンロードする

LAMMPSの公式ページから、LAMMPSをダウンロードする。 私が使用したバージョンは『LAMMPS Stable Release:29 Oct 2020』です。

2.LAMMPSのパッケージをコンパイルする

具体的な構築方法はこのサイトを参照してください。 私が導入したパッケージは以下です。

• CLASS2
• MOLECULE
• QEQ
• USER-REAXC

コンパイルをしたソフトは環境変数が通ったフォルダに移動してください。

3.シミュレーションを実行する

実行したい系のフォルダ内にあるjob.shを実行してください。 今回のシミュレーションでは単コアの実行を仮定しているため、lmp_serialが実行できるようにしておいてください。 ※もしも並列計算を実行したい場合にはjob.shを編集してください。