- Удаление NA
- Удаление сомнительных результатов
- Удаление ненужных для анализа столбцов
Для анализа использовался пакет «limma» в среде R. В частности, была применена функция, которая проводит t-test путем эмпирической байесовской модерации стандартных отклонений. Значения дифференциальной экспрессии при применении этого метода приведены к логарифмическому виду, что облегчает их анализ: значения ниже нуля показывают снижение концентрации, а значения выше – его повышение. За статистически достоверный результат были приняты данные с p-value ниже 0.05.
Объект - клеточная линия pv11, полученная от эмбрионов комара P. vanderplanki. Обработана трегалозойЮ контрольная группа - клетки без обработки.
Разведочные графики сделаны с IPython Notebook с помощью библиотек matplotlib и seaborn Окончательные графики сделаны в среде R с помощью пакета ggplot2