sabitova-fatima / P.vanderplanki_proteome

Exploratory proteome analysis of an insect, that can fully dry and then revive again

Polypedilum vanderplanki proteome exploratory analysis

ЭТАПЫ РАБОТЫ

1. Очистка результатов

1. Удаление NA
2. Удаление сомнительных результатов
3. Удаление ненужных для анализа столбцов

2. Статистическая обработка

Для анализа использовался пакет «limma» в среде R. В частности, была применена функция, которая проводит t-test путем эмпирической байесовской модерации стандартных отклонений. Значения дифференциальной экспрессии при применении этого метода приведены к логарифмическому виду, что облегчает их анализ: значения ниже нуля показывают снижение концентрации, а значения выше – его повышение. За статистически достоверный результат были приняты данные с p-value ниже 0.05.

3. Анализ данных

Объект - клеточная линия pv11, полученная от эмбрионов комара P. vanderplanki. Обработана трегалозойЮ контрольная группа - клетки без обработки.

4. Визуализация

Разведочные графики сделаны с IPython Notebook с помощью библиотек matplotlib и seaborn Окончательные графики сделаны в среде R с помощью пакета ggplot2