Este repositório contém o código-fonte que alimenta as visualizações de dados que estão nesta reportagem sobre epidemiologia matemática.
O programa em Python virus_simulator.py roda uma simulação simples da dinâmica de contágio de diversas doenças. Ele deve ser executdo no terminal (com o comando python virus_simulator.py).
O resultado das simulações são salvos em formato .json no diretório output. Os arquivos representam uma cadeia de contágio, originada a partir de uma pessoa infectada. Abaixo está um exemplo:
[
{
"id": "0001",
"virus_name": "Covid-19",
"to_infect": 2,
"countdown": 5,
"alive": true,
"resolved": true,
"parent": null,
"children": [
"0002",
"0003"
],
"generation": 1
},
{
"id": "0002",
"virus_name": "Covid-19",
"to_infect": 3,
"countdown": 5,
"alive": true,
"resolved": true,
"parent": "0001",
"children": [
"0004",
"0005",
"0006"
],
"generation": 2
},
{
"id": "0003",
"virus_name": "Covid-19",
"to_infect": 1,
"countdown": 3,
"alive": true,
"resolved": true,
"parent": "0001",
"children": [
"0007"
],
"generation": 2
},
...
...
...
]
É importante ressaltar que, como o programa faz uma simulação a partir de parâmetros estatísticos, o output é diferente a cada execução.
O diretório viz contém três arquivos JavaScript.
O primeiro que precisa ser executado é pre-process-force.js, que usa as simulações de força do pacote d3.js para computar coordenadas as X e Y de cada ponto do gráfico a partir dos arquivos gerados por virus_simulator.py. O resultado é, então, salvo no próprio diretóerio na forma de um arquivo .json otimizado. Abaixo está um exemplo desses novos arquivos:
[
{
"cx": 135.9004516707361,
"cy": 144.80477586608896,
"id": "0001",
"generation": 1,
"virusName": "Covid-19",
"alive": true
},
{
"cx": 141.79796825639332,
"cy": 140.25733249297497,
"id": "0002",
"generation": 2,
"virusName": "Covid-19",
"alive": true
},
{
"cx": 126.60768195768344,
"cy": 144.1299224886298,
"id": "0003",
"generation": 2,
"virusName":" Covid-19",
"alive": true
},
...
...
...
]
Estes arquivos alimentas os scripts draw.js e drawHypothetic.js, que desenham as visualizações de dados na página index.html.
Para executar os sripts, o processo é simples: abra a página em um servidor local e, caso necessário, remova os comentários do final do arquivo.