Quentin Baert
Master MOCAD
Le fichier seance2.pdf
correspond au rapport du projet et contient les réponses aux questions 1 à 11.
src
├── main
│ ├── java
│ ├── resources
│ └── scala
│ ├── model
│ │ ├── Reaction.scala
│ │ └── model.scala
│ └── sim
│ ├── Simulator.scala
│ ├── Test.scala
│ └── sim.scala
└── test
├── java
├── resources
└── scala
- Le package
model
contient les classes qui permettent de modéliser un système de réactions chimiques. - Le package
sim
contient les classes afin de simuler l'exécution d'un système de réactions chimiques grâce à l'algorithme de Gillespie.
Le code ayant été écrit en Scala, l'exécution du code nécessite l'outil SBT (http://www.scala-sbt.org/download.html).
La classe Test.scala
contient le code necéssaire à l'exécution de la simulation d'un système de réactions chimiques. La modification du code présent dans cette classe permet de simuler un nouveau système.
Une fois que le code correspond au système à simuler, lancer les commandes suivantes depuis la racine du projet pour compiler et exécuter le code :
$ sbt compile
$ sbt run
Après l'exécution, deux fichiers sont crées : sim.dat
et sim.plot
. sim.dat
contient les données de l'exécution alors que sim.plot
est un script gnuplot
qui permet de visualiser la simulation. Pour créer un fichier .png
qui représente la simulation, exécuter la commande suivante depuis la racine du projet :
$ gnuplot sim.plot
Le script clean.sh
permet de nettoyer la racine du projet des fichiers générés lors de l'exécution d'une simulation.