qb-rgb / SV-Model

Quentin Baert
Master MOCAD

SV - Copasi

Rapport

Le fichier seance2.pdf correspond au rapport du projet et contient les réponses aux questions 1 à 11.

Architecture

src
├── main
│   ├── java
│   ├── resources
│   └── scala
│       ├── model
│       │   ├── Reaction.scala
│       │   └── model.scala
│       └── sim
│           ├── Simulator.scala
│           ├── Test.scala
│           └── sim.scala
└── test
    ├── java
    ├── resources
    └── scala

• Le package model contient les classes qui permettent de modéliser un système de réactions chimiques.
• Le package sim contient les classes afin de simuler l'exécution d'un système de réactions chimiques grâce à l'algorithme de Gillespie.

Exécution

Le code ayant été écrit en Scala, l'exécution du code nécessite l'outil SBT (http://www.scala-sbt.org/download.html).

La classe Test.scala contient le code necéssaire à l'exécution de la simulation d'un système de réactions chimiques. La modification du code présent dans cette classe permet de simuler un nouveau système.

Une fois que le code correspond au système à simuler, lancer les commandes suivantes depuis la racine du projet pour compiler et exécuter le code :

$ sbt compile
$ sbt run

Après l'exécution, deux fichiers sont crées : sim.dat et sim.plot. sim.dat contient les données de l'exécution alors que sim.plot est un script gnuplot qui permet de visualiser la simulation. Pour créer un fichier .png qui représente la simulation, exécuter la commande suivante depuis la racine du projet :

$ gnuplot sim.plot

Le script clean.sh permet de nettoyer la racine du projet des fichiers générés lors de l'exécution d'une simulation.