prazek / gwas

Genome wide association study with CUDA

Geek Repo:Geek Repo

Github PK Tool:Github PK Tool

GWAS - genome wide association study.

Format danych wejsciowych (liczby oddzielone spacja w kazdej lini) pierwsza linia: num_objects num_vars result_size a_priori opisujaca kolejno liczbe obiektow, liczbe zmiennych

druga linia: num_vars zmiennych decyzyjnych (0 lub 1)

kolejne num_vars lini (numerowanych od i=0 do num_vars) zawiera: num_objects zmiennych opisowych (0, 1 lub 2) (numerowanych od j=0 do num_objects) gdzie zmienna opisowa var_ij opisuje zmienna dla wartosci opisowej numer i oraz obiektu numer j.

Aby odpalic testy nalezy uzyc komendy ./test.sh. Mozliwe jest ze beda male roznice, spowodowane losowym wygenerowaniem mniejszej liczby wartosci (poprzez obliczenie thresholdu) lub male zamienienie kilku wartosci spowodowane bledem precyzji.

About

Genome wide association study with CUDA


Languages

Language:Cuda 70.6%Language:C++ 27.0%Language:Shell 1.5%Language:Makefile 0.9%