nye0 / SearchProtein-C-teminal-End-with-XXX

怎样批量检索C末端为XXXX序列的所有蛋白？

工具：

• blastp
• uniprot
• Python Package: pandas,xml,urllib

步骤：

1. 检索包含KDEL氨基酸序列的全部蛋白。

• 在Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence(s)中输入“XXXX”
• 在organism 中输入：Homo sapiens (taxid:9606)
• Algorithm部分使用：PSI-BLAST (Position-Specific Iterated BLAST)
• Algorithm parameters: 可调节Max target sequences选项以获得更多结果。
• 其余参数均使用默认,设置完成后点击“BLAST”开始计算（用时3-5分钟）
• 结果显示后，点击“Download All”，选择XML格式保存结果到本地。

2. 选择KDEL氨基酸序列的位于c末端的蛋白

• 运行脚本： c-end.py

./ C-end.py    /path/to/xml /result/path/xlsx (结果需保存为xlsx格式)

• 注意：
  • c-end.py中第一行需修改为本机python可执行程序的路径
  • 本机python需安装相关库