MicroAgrobioma, una plataforma para estudiar microbioma tradicional y cambio de hospedero en enfermedades de plantas de relevancia agrícola
Este repositorio reúne el trabajo realizado para el proyecto conacyt 320237
La base de datos que contiene los microbiomas de rizósfera se encuentra en este link -> MicroAgroBiom DB
Investigadora Nelly Sélem Mojica CVU:39289 Github:nselem
Investigadores asociados
- M.C. Diego Garfias Gallegos CVU:846164 GitHub:bedxxe
- M.C. Fernando Fontove Herrera CVU:335979 GitHub:Fontove
Becarios
- Julio César González Aquino CVU:1262738
- Dr. César Alfonso Díaz Mijangos CVU:589346 GitHub:CsarMijangos
- Jazmín López Chacón CVU:1262492 GitHub:tipicanerd
- Susana Abigail Herrera Herrera CVU:1262861
- Rafael Pérez Estrada CVU:1223634
Otros participantes
- Paula Camila Silva Gómez CVU:1093754 GitHub:CamilaSilva1995
- Shaday Flores Guerrero CVU:659812 GitHub:shadayguerrero
- Haydee Adriana Contreras Peruyero CVU:590371 GitHub:HaydeePeruyero
- Anton Pashkov CVU:1300257 GitHub:aapashkov
- Mario Jardón Santos CVU:926448
- Karina Enríquez Guillén CVU:1338796
- Erick Omar Díaz Valenzuela
Obtención y documentación de microbiomas de cultivos que contienen Clavibacter (Diego)
Obtención y documentación de microbiomas de otros cultivos mexicanos (Anton, Susana)
Datos solena (Diego Fernando)
Contenedor procesamiento de reads crudos a tablas de abundancia (Rafael, Antón, Nelly)
Simulador de reads metagenómicos en python (Camila y Jazmin)
Pangenoma de Clavibacter (Haydee, César, Erik)
Adaptación de EvoMining para Python con miras a datos metagenómicos (César)
Simulacion metagenoma clavibacter (César y Shaday)
Tda reconocimiento (Haydee, Shaday)
Clasificación de microbiomas de rizósfera Hackton
Redes de co-ocurrencia en este repositorio
Organismos clave en redes de co ocurrencia
En construcción redes de co-ocurrencia implementadas
Descargas de biom
Capítulo libro: Como autor principal el M.C Diego Garfias Gallegos y cómo autora de correspondencia la doctora Nelly Sélem, se publicó un pipeline de cómo automatizar análisis de diversidad en datos de microbioma utilizando como ejemplo el microbioma de maíz. Garfias gallegos et al, Metagenomics, a bioinformatics pipeline Methods in Molecular Biology book series (MIMB,volume 2512)
- Hackaton Taller de problemas y aplicaciones matemáticas a datos biológicos (Fernando Fontove, César Mijangos, Shaday Flores y Haydee Peruyero, Susana, Julio César, Jazmín)
Poster del evento
- CAB 2022 Plática corta sobre la identificación de lecturas de Clavibacter en datos metagenómicos del cogreso de ecología microbiana Connections across borders (Dra Nelly Sélem)
- WBDS 2022 Conferencia principal sobre la identificación de lecturas de Clavibacter en datos metagenómicos del cogreso Women in data science in bioinformatics (Dra Nelly Sélem)
- ISCB 2022 Poster del simulador de reads con metagenomas que contienen Clavibacter (Lic Camila y el MC Diego Garfias)
Poster del pangenoma de Clavibacter e identificación a nivel especie de los reads de Clavibacter en un metagenoma (Shaday y Haydee)