Jupyter notebook 形式のファイル analysis.ipynb に解析の一連の手順を掲載しています。また、ダウンロードして Jupyter notebookからファイルを開くことでインタラクティブに解析を行うことができます。
次のコマンドで本サイトのファイルをダウンロードできます。bact_genome という名称でカレントディレクトリにダウンロードされます。
git clone https://github.com/nigyta/bact_genome.git
下記の手順でインストール可能です。また、Jupyter notebookで bashコマンドを実行するために bash カーネルを追加 する必要があります。
# Jupyter のインストール
pip install jupyter
# bashカーネルのインストール
pip install bash_kernel
python -m bash_kernel.install
cd bact_genome
jupyter notebook
起動後、ブラウザが立ち上がりますので画面から analysis.ipynb を選び開いてください。
shift-Enter を押していくことで順に実行できます。