neuroeeg / ANN4EEG

ANN4EEG is a convolutional neural network toolkit for EEG-mediated drug-target interaction prediction. This approach for drug-target interaction prediction can explain the mechanisms underlying complicated drug actions, as it allows the identification of similarities in the mechanisms of action and effects of psychotropic drugs.

ANN4EEG

В файле func.py описываются все сети. В main.py происходит обучение. load_nn.py загружает уже обученную сеть и проверяет её работу на тестовой выборке.

Скрипт dataset_generator.py создает датасет из файлов .txt, которые содержат отсчеты сигналов и предварительно созданы в EDFbrowser. Желательно использовать при формировании датасета для каждого препарата по 5 файлов сигнала длительностью по несколько минут снятых с разных особей. При этом название .txt файлов имеет вид "qwe_nn_data.txt", где qwe - первые три буквы названия препарата (например, для амитриптилина это "ami"). Все файлы должны лежать в одной директории с dataset_generator.py. Длительности выборки для одного сигнала опреляется параметром sig_len в dataset_generator.py. Скрипт сам разобьет сигналы на обучающее и тестовое множество. Кроме того, скрипт присваивает сигналам метки классов в формате "qwe". Комментарии на руском с описанием методов и параметров есть во всех скриптах.

Dataset

Download i-EEG dataset_set_1000.zip (274.7 Мб): http://dx.doi.org/10.17632/gmkbhj28jh.1

Implementation

https://cmi.to/r2/

Authors

1. Alexey A. Nevzorov, Institute of Mathematics and Information Technology, Volgograd State University
2. Konstantin Y. Kalitin, Department of Pharmacology and Bioinformatics, Volgograd State Medical University
3. Olga Y. Mukha, Department of Pharmacology and Bioinformatics, Volgograd State Medical University
4. Denis A. Babkov, Scientific Center for Innovative Drugs, Volgograd State Medical University