pengToolkit

My useful R package.

gitee 地址：https://gitee.com/mugpeng/pengToolkit

安装

github 安装：

# install devtools
install.packages("devtools")

devtools::install_github("mugpeng/pengToolkit")

境内用户

#安装官方包‘remotes’
install.packages("remotes")
#安装官方包‘git2r’
install.packages("git2r")

remotes::install_git("https://gitee.com/mugpeng/pengToolkit.git")

下载打包后本地安装：

install.packages("/dir2file/pengToolkit-main", repos = NULL, type = "source")

功能介绍

一共五个函数：

pengToolkit::
pengToolkit::boost_install_packages  pengToolkit::set_mirror
pengToolkit::make_r_template

make_r_templete 用来创建头文件：

##################################################
## Project:
## File name: test2.R
## Date: Wed May 19 18:24:26 2021
## Author: Peng
## R_Version: R version 4.0.5 (2021-03-31)
##################################################

boost_install_packages 判断式安装R 包，先从cran 找，再从biocondunctor 找，如果都有，则会提示：

pengToolkit::boost_install_packages(c("ggplot2", "devtools"))
[1] "ggplot2 is already installed."
[1] "devtools is already installed."
[1] "ggplot2 devtools are already in your computer."

现在还支持多线程、后台、开启镜像下载。

set_mirror 自动将镜像配置，cran 对应清华源，bioconductor 对应中科大。

set_mirror() # 参数"China" 可有可无
set_mirror("reset") # 当你无需镜像之时，可以恢复默认设置

add_function

可以直接添加函数到 ./my_function.R（需要将函数名改为字符串形式）脚本内，解决主脚本因为函数定义而显得臃肿。

比如添加事先定义好的两个函数：

> add_function("test001", "test002")
Now you can find your functions in : ./my_function.R

再打开 ./my_function.R：

test001 <-function(x) {
  x + 1
}
test002 <-function(x) {
  x + 1
}

报错集合

目前我整理了一些安装包出现的报错，记录在：

https://www.yuque.com/mugpeng/rr/cvaadg

如果有任何使用的问题，也欢迎大家在issue 中提出。

更新记录

0.0.1

初始版。

0.0.2

发布版。

set_mirror 函数添加恢复方法：

set_mirror("reset") # 当你无需镜像之时，可以恢复默认设置

0.0.3

对帮助文档进行了修改。添加了依赖包设置。添加了单元测试设置。

0.0.4

灵感来源于pacman::p_load()，如果可以安装包时增加选项，loaded, 如果为T，则判断式安装完包后，会加载它们。

> boost_install_packages(c("ggplot2","ggsci"), loaded = T)
[1] "ggplot2 is already installed."
[1] "ggsci is already installed."
[1] "ggplot2, ggsci are already in your computer."
[1] "ggplot2, ggsci are  also successfully loaded in your namespace."
Warning message:
package ‘ggsci’ was built under R version 4.0.5

0.0.5

增加新的函数update_myself：可以随时随地获得最新稳定版的这个包。来源是github。

> update_myself()
upgrading this package from github mugpeng/pengToolkit
Downloading GitHub repo mugpeng/pengToolkit@HEAD
These packages have more recent versions available.
It is recommended to update all of them.

更新boost_install_packages，支持后台下载选项，支持多线程选项，支持镜像下载，修改输出信息内容。

> boost_install_packages("viridis", mirror = T, parallels = 2, jobs = T)
Now you successfully take a mirror, go ahead without any restrictions!
Now will use jobs for installing. HAPPY! console is free now!
Job launched.                                                                      
We will use 2 cores for installing.
You can set ur parallels back by: options(Ncpus = 1)
You can set ur mirror back by: set_mirror('reset')

jobs 选项调用job 包，可以直接调用后台安装。 ps：关于R 包的更新，墙裂推荐大噶使用Y 叔叔的rvcheck，好用极了~

0.0.6

更新boost_install_packages 函数修改了parallels 参数bug，并且设置了parallels 参数可以自定义的阈值上限，最多只允许调用8个核心来安装包。

> boost_install_packages("paletteer", parallels = 100)
paletteer is already installed.
paletteer are already in your computer.
You think too high to your cpu, I will set it to a safe number.
We will use 3 cores for installing.

增加了函数add_function 可以直接添加函数到 ./my_function.R（需要将函数名改为字符串形式）脚本内，解决主脚本因为函数定义而显得臃肿。

比如添加事先定义好的两个函数：

> add_function("test001", "test002")
Now you can find your functions in : ./my_function.R

再打开 ./my_function.R：

test001 <-function(x) {
  x + 1
}
test002 <-function(x) {
  x + 1
}

0.0.7

更新update_myself，解决因为环境中加载pengToolkit 而无法更新报错。

0.0.8

新增函数p_select，专门用于处理向量，reverse 参数取反。
修改函数make_r_template : 创建文件后会直接打开。

0.0.9

删除p_select，直接setdiff 不就好了？
解决无法加载帮助文档的bug
将cran 镜像替换为中科大
删除update_myself 方法

mugpeng / pengToolkit