liuyuan-cisd / fastaTools

一些处理fasta文件的工具

Geek Repo:Geek Repo

Github PK Tool:Github PK Tool

这个文件夹下存放用来处理fasta文件的工具(具体的使用说明放在了wiki里)

pyGetFasta.py:

用于根据bed文件获取基因序列,基于bed文件中提供的基因位置信息

得到的序列命名方式为:chr1:78900:79000:strong_enhancer 对应与bed文件的前四列

selectBed.py:

用来从bed文件中随机提取出来一部分出来,根据基因的名字进行提取,可以控制提取的数量

selectFasta.py

用来从fasta文件中随机提取一部分序列出来,可以根据fasta文件标识行信息提取

使用说明

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一些处理fasta文件的工具


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