liuxi1998 / Work_flow_of_population_genetics

整理常用的群体遗传学分析流程和脚本

Work_flow_of_population_genetics

记录相关流程和脚本方便自己和大家参考，佛系更新，独木难支，欢迎志同道合的小伙伴加入！

这个repo已经开通Discussion版块，希望可以成为大家学习交流的平台

贡献者们

Mou Yin: 看看我写的基因组学研究流程！
Hermiolee1: 我占坑的，怎么了嘛

下一步

• 测试和更新bwa-mem2/minimap2比对流程
• 测试和更新二代测序SV鉴定流程

下亿步

• 下一步：将以下一些流程写为snakemake workflow
  • SNP calling Snakemake 流程已经完成
• 下一步：将以下一些流程装进conda

目录

• 生物信息工具——我的关注
• 常用数据处理Tips
• 重测序和群体遗传
  • 变异鉴定和变异特征 (snakemake自动化)
    • 序列过滤和比对
      • Nanopore测序结果过滤:Nanoflt
      • Nanopore测序结果可视化:NanoPlot
    • 获得遗传变异信息以及质量控制
    • 比对特征统计
  • 群体历史推测
    • MSMC算法
    • PSMC算法
  • 群体关系计算
    • King计算个体间亲缘关系
    • PCA分析群体结构
• 结构变异检测和群体遗传
  • 二代测序 结构变异检测
  • 三代测序 结构变异检测
• Nanopore测序数据甲基化检测
• 植物基因组组装和个性化分析 (以花苜蓿基因组学研究为例)
  • 相关流程和命令行