lemene / plgd

概述

plgd 是一个辅助编写集群作业脚本的工具，目前支持的系统有PBS、SGE、LSF和Slurm。

Cluster

Cluster定义pipeline运行的集群系统，目前支持pbs、sge、lsf、slurm和local（单机运行）。Cluster抽象了下面重要的函数

1. new，创建类，如果检测到系统不支持该类型，则返回undef。
2. submit，提交作业
3. stop，停止作业
4. status，检查作业状态，检查作业是否在运行。

它有CLUSTER参数控制，如CLUSTER = pbs:4。分别设置集群类型和任务数目。

• 集群类型支持pbs、sge、lsf、slurm、local和auto。auto表示自动判断所处系统，
• 任务数目指pipeline同时提交的任务数目，支持0和正整数。0表示不限制任务数目。

Examples

minimap2 racon miniasm

racon.pl

实现minimap2+racon的功能。主要的修改有部分：

1. minimap2部分，先将reads分成多个文件，然后并行比对到contigs上，最后合并比对结果。
2. racon部分，将contigs分成多个文件，然后并行polish，最后合并polish结果。

miniasm.py

实现minimap2+miniasm+raocn的功能。