1.Получить набор пар для клеток человека
- Enriched pixels (и заботать как их получают) - получает Даня, см. тут, линия клеток у нас GM12878. Заодно прочитать статью
- Сгенерировать вз-невз пары + эпигенетические характеристики – Полина на основе Enriched pixels
- Сгенерировать observed/expeсted для данных человека – Полина
- Сопоставить пары и observed/expeсted сигналы – Даня
- Запустить обучение и тест - Даня
2.Разбить окошки на классы - Прочитать статью про chromHMM и ещё одну. Открывать можно через sci-hub
- Почитать ещё статьи про сегментации генома
- Реализовать свой алгоритм или запустить chromHMM на данных GM12878
3.Для подготовленных пар с известным observed/expeсted сделать вектор с окошками - Даня
Даты:
5 июля
А. семинар, Даня рассказывает как работает HiCCUPS: и что такое петли, а также как
работает chromHMM и какие есть аналоги.
Б. Сопоставить пары и observed/expeсted сигналы – Даня