код: https://colab.research.google.com/drive/1LrLHZmcCRAiZx_rxL-4vLcDnHFACFH0t?usp=sharing
| Гистоновая метка | Имя файла |
|---|---|
| H2AFZ | wgEncodeBroadHistoneNhlfH2azAlnRep1.bam |
| H3K27ac | wgEncodeBroadHistoneNhlfH3k27acStdAlnRep1.bam |
| H3K27me3 | wgEncodeBroadHistoneNhlfH3k27me3StdAlnRep1.bam |
| H3K36me3 | wgEncodeBroadHistoneNhlfH3k36me3StdAlnRep1.bam |
| H3K4me1 | wgEncodeBroadHistoneNhlfH3k4me1StdAlnRep1.bam |
| H3K4me2 | wgEncodeBroadHistoneNhlfH3k4me2StdAlnRep1.bam |
| H3K4me3 | wgEncodeBroadHistoneNhlfH3k4me3StdAlnRep1.bam |
| H3K79me2 | wgEncodeBroadHistoneNhlfH3k79me2AlnRep1.bam |
| H3K9ac | wgEncodeBroadHistoneNhlfH3k9acStdAlnRep1.bam |
| H3K9me3 | wgEncodeBroadHistoneNhlfH3k09me3AlnRep1.bam |
| # | название | описание |
|---|---|---|
| 1 | heterochromatin | Активность в H3K27me3 |
| 2 | heterochromatin | Ассоциируется с % genome и Lamina |
| 3 | heterochromatin | Активность в H3K9me3 |
| 4 | enchancer | Находится в участках транскрипции |
| 5 | transcribed | Ассоциируется с RefSeqGene, активен в H3K79m2 |
| 6 | transcribed | Ассоциируется с RefSeqGene |
| 7 | promoter | Ассоциируется с RefSeqTSS, RefSeqTSS2kb, CpGIsland. Располагается в начале генов, активен в H3K4me3 |
| 8 | promoter | Ассоциируется с RefSeqTSS, RefSeqTSS2kb, CpGIsland. Активен в H3K4me3 |
| 9 | heterochromatin | Ассоциируется с % genome и Lamina |
| 10 | enchancer | Активен в H3K4me1 |
Тип 3:
Тип 5:
Тип 7:
Тип 8:
Тип 10:
Есть ссылка на колаб сверху.
Реализация замены номеров типов на названия есть в колабе.
Результат:
