koido / MENTR_demo_JP

MENTR サポートページ

本レポジトリは 実験医学 2023年4月号 Vol.41 No.6 に掲載されたクローズアップ実験法「MENTR：DNA配列から非翻訳RNAの発現を予測する機械学習法」のサポートページです。

主に、MENTRの簡単な解析デモを公開しています。

1. MENTRとは

MENTRは、DNA配列から非翻訳RNAの発現を予測する機械学習法です。

Koido et al. Nat Biomed Eng. 2022.

News&views

GitHub

日本語プレスリリース

2. MENTR による in silico変異導入法のデモ

本サポートページでは「ちょっとMENTRを試してみる」ことを目的としたデモ用のスクリプトを公開しています。 ユーザは、以下の2つの方法で、MENTRを用いた解析を実行できます。

2.1. ローカル環境で実行するためのJupyterLab Notebook (.ipynb)

各解析環境に応じて、以下のいずれかのノートブックをダウンロードし、使用してください。

• Linux (x64 CPU)
  • 2023/2/17 initial release
• macOS (x64 CPU)
  • 2023/2/17 initial release
  • 2023/3/27 condaから消失したosx-64用のpytorch==0.4.0を利用可能にした
• macOS (Apple Silicon)
  • 2023/2/17 initial release
  • 2023/3/27 condaから消失したosx-64用のpytorch==0.4.0を利用可能にした
• Windowsユーザ → Linux 用 Windows サブシステム（WSL）上でJupyterLabを立ち上げ、上記のLinux (x64 CPU) を使用

2.2. クラウド環境（Google Colaboratory）での実行

こちらのリンクから解析を体験できます。

• 2023/2/14 initial release

3. References

MENTRを用いた研究を公開する場合など、次の論文を引用してください。

• MENTR paper: M Koido et al. Prediction of the cell-type-specific transcription of non-coding RNAs from genome sequences via machine learning. Nat. Biomed. Eng. 2022.
  • Nat. Biomed.Eng.誌のSharedItにより、この学術誌を購読していなくとも、MENTR論文をread-onlyで閲覧できます。
  • Nat. Biomed.Eng.誌のNews&Viewで紹介されました
• FANTOM5 papers (FANTOM CAT, Promoter atlas, Enhancer atlas) and LCL CAGE QTL paper
  • これらは公開している学習済機械学習モデルでの学習データとして使用しております。
• ExPecto paper
  • こちらの論文で公開されている学習済DeepSEA Belugaモデルとその活用スクリプトをMENTRの一部で使用しています。