本レポジトリは 実験医学 2023年4月号 Vol.41 No.6 に掲載されたクローズアップ実験法「MENTR:DNA配列から非翻訳RNAの発現を予測する機械学習法」のサポートページです。
主に、MENTRの簡単な解析デモを公開しています。
MENTRは、DNA配列から非翻訳RNAの発現を予測する機械学習法です。
Koido et al. Nat Biomed Eng. 2022.
本サポートページでは「ちょっとMENTRを試してみる」ことを目的としたデモ用のスクリプトを公開しています。 ユーザは、以下の2つの方法で、MENTRを用いた解析を実行できます。
各解析環境に応じて、以下のいずれかのノートブックをダウンロードし、使用してください。
- Linux (x64 CPU)
- 2023/2/17 initial release
- macOS (x64 CPU)
- 2023/2/17 initial release
- 2023/3/27 condaから消失したosx-64用のpytorch==0.4.0を利用可能にした
- macOS (Apple Silicon)
- 2023/2/17 initial release
- 2023/3/27 condaから消失したosx-64用のpytorch==0.4.0を利用可能にした
- Windowsユーザ → Linux 用 Windows サブシステム(WSL)上でJupyterLabを立ち上げ、上記のLinux (x64 CPU) を使用
こちらのリンクから解析を体験できます。
- 2023/2/14 initial release
MENTRを用いた研究を公開する場合など、次の論文を引用してください。
- MENTR paper: M Koido et al. Prediction of the cell-type-specific transcription of non-coding RNAs from genome sequences via machine learning. Nat. Biomed. Eng. 2022.
- Nat. Biomed.Eng.誌のSharedItにより、この学術誌を購読していなくとも、MENTR論文をread-onlyで閲覧できます。
- Nat. Biomed.Eng.誌のNews&Viewで紹介されました
- FANTOM5 papers (FANTOM CAT, Promoter atlas, Enhancer atlas) and LCL CAGE QTL paper
- これらは公開している学習済機械学習モデルでの学習データとして使用しております。
- ExPecto paper
- こちらの論文で公開されている学習済DeepSEA Belugaモデルとその活用スクリプトをMENTRの一部で使用しています。