xalapa
tutorial para la escuela de RMN de Xalapa
instalación
Se recominda hacer la instalación en el orden mencionado!
Para comenzar es necesario instalar el programa libre de estadística R que existe para todas la plataformas, osx, linux y windows10. La última version para windows10 se encuentra aquí.
Para simplificar el trabajo con R se recomienda utilizar un editor "especial" que ayuda a escribir los comandos y manejar los archivos. Para R ese editor se llama Rstudio y también se encuentra libre para windows10 aquí.
Como buena práctica para tener sus scripts al día, monitorear cambios, conservar el histórico de cambios y compartir con otros colaboradores, se recomienda usar un sistema que maneja las versiones, uno de esos sistemas es "Git", que igualmente es libre y existe para todas la plataformas. Aquí para windows10.
Finalmente, para simplificar el trabajo con Git se puede utilizar un software adicional como tortoiseGit que permite usar Git desde el explorador de archivos, sin tener que aprender los comandos de Git.
Una vez instalado estos software o por lo menos los 2 primeros, R y Rstudio, se puede iniciar este último y copiar los comandos siguientes en la consola. Deberá seleccionar un servider de donde conectar para instalar los paquetes adicionales.
install.packages(c("rmarkdown", "plotly", "websocket", "rstudioapi", "Numero", "car", "git2r", "xml2"))install.packages(c("BiocManager"))
BiocManager::install(c('pcaMethods', 'impute', 'MassSpecWavelet'))install.packages(c("devtools"))
devtools::install_github('kimsche/MetaboMate')
devtools::install_github('jwist/hastaLaVista')Puede tardar varios minutos para instalar todas esta bibiotecas adicionales.