Giters

jadonWong / ngs_learning

生物信息学交流资料

Geek Repo:Geek Repo

Github PK Tool:Github PK Tool

生物信息学交流QQ群 入群须知

目录

基本内容

  1. 请大家修改自己的备注名称， 姓名-学校/工作单位-专业方向, 方便大家交流。 如果不修改的话，我们大约1周清1次人。

  2. 提问的正确姿势： 大家在问问题的时候，一定要问具体的问题，比如：我在使用XX软件的时候，输入的命令是XXX，结果报错，报错的信息是XXXX，系统是Ubuntu 16.04。 一定要给出输入，输出，报错信息！

  3. 提问的错误姿势： 不要问类似，大家有没有用过XXX？

  4. 学习建议 其实现在网上有很多资料，前期的原理入门都可以自己搞定，群里更多的是可以为你提供经验的帮助。比如，在不知道选A还是选B的时候帮助你做选择，而不是直接告诉这个题有2个选项，然后再告诉答案~

活用Google

此部分由LZ老哥编写

如何访问google [此部分感谢丽姐的帮助！]

  1. 目前google科学上网最常用的办法是修改本机的hosts，具体可以参考 https://laod.cn/hosts/2018-google-hosts.html

  2. 另外，还可以使用一些现成的工具，具体请看这里 https://mp.weixin.qq.com/s/qOZIK_6-7EHcPi6aAJUKTg

  3. 如果是windows操作系统，可以直接使用下面的工具！链接:https://pan.baidu.com/s/1siZGIQMvOcCywMpTti7GaQ 提取码:yo92 [感谢苗苗的提供！]

有问题 先google

大家遇到的问题往往在google上已经有答案了，先问问google再问人比较好，这样自己能提高检索能力，也学到姿势，还能让提问更有效率和价值。

下面是检索方法，都是经验，大家有值得分享的请继续补充！

一、直接检索法

比如：今天有人问，服务器挂了怎么办？ 完全就可以搜索 how to boot a linux server
或者 linux server can not start 或者 how to repait a linux server boot
往往能找到答案。

二、关键词循序渐进法

  1. 先用英语专业词汇的关键词检索，以R进行p值校正为例，使用关键词为R p value Correction填入google检索。

  2. 在结果列表找一下，发现前几个链接好像都说了怎么算 ，挨个点开看看，发现网页http://sphweb.bumc.bu.edu/otlt/MPH-Modules/BS/R/R-Manual/R-Manual22.html 上有明确的办法R语言进行p值校正的示例。这就找到了答案。

  3. 有时候找不到问题解决办法，这时要注意一下，是不是其他人描述这个问题用的英语词汇跟自己不一样，更换其他人的描述词汇再试一下，往往会搜到更多的答案。

  4. 如果遇到第一次的关键词就不会的情况，我一般先去**知网搜中文关键词，然后看对应的文献里面提到的英文关键词是啥，或者查查一下Mesh词表，根据从Mesh词表查到的关键词再去google。

三、中英文混杂检索

当你想研究某个领域或者工具的时候，不用一开始执着于英文。可以拿中文作为跳板，先掌握一些最基础的概念，然后再用英文搜索。比如你想要了解samtools，可以先搜索 samtools文档这几个字，会出来一些个人翻译的文档，了解一些最最基础的内容后，再去看原文文档。

直播录像内容

第1次Live上机录像：2017-06-26-R语言相关内容补充

网址

https://www.bilibili.com/video/av11655592/

主要内容

  • R语言背景介绍（1:00 - 24:00)
  • R studio 代码演示RNA-Seq相关图的制作 （25:00 - 75:00)

第2次Live上机录像：2017-08-04-高通量测序技术交流录像

网址

https://www.bilibili.com/video/av12969326/

主要内容

  • Linux基础操作 （1:00 - 20:30)
  • conda的安装与调试 （20:30 - 24:30)
  • 参考基因组的下载与bowtie2 index的建立 （24:45 - 41:00）
  • RNA-Seq的分析流程 （41:30 - 75:00）
  • PCA的原理与实现 （76:00 - end）

第3次Live上机录像：20170904-ChIP-Seq实验背景与数据分析

网址

https://www.bilibili.com/video/av14178191/

主要内容

  • ENCODE计划 （6:30 - 7:30)
  • ChIP-Seq技术 （7:40 - 13:00）
  • Hi-C技术（13:30 - 15:40）
  • FAIRE-Seq （15:40 - 24:00）
  • CLIP 技术（24:00 - 26:00）
  • 从ENCODE上下载数据 （26:40 - 33:00）
  • ChIP-Seq的标准分析流程 （34:00 - 100:00）

第4次Live上机录像：2017-10-09-UCSC Genome Browser 和 WashU Genome Browser

网址

https://www.bilibili.com/video/av15253446/

主要内容

  • Vim的介绍与配置（1:00 - 21:00）
  • 数据的标准格式fasta,fastq,bed,bam,sam,bigwig (22:00 - 40:00)
  • 数据库的选择（42:00 - 46:00）
  • 千人基因组数据库 (48:00 - 54:00)
  • TCGA数据库 (55:00 - 60:00)
  • GTEx (60:00 - 66:00)
  • UCSC genome browser (66:00 - 86:00)
  • Wash U genome browser (87:00 - 110:00)

第5次Live上机录像（第1部分）：20171030-学习Python做生信-Python基础入门

网址

https://www.bilibili.com/video/av15887563/

主要内容

  • Python的安装[linux,windows](0:00 - 5:00)
  • Python的基础操作[赋值，加，减，乘，除，乘方，取余等] (5:00 - 14:00)
  • Python的数据类型与基本操作[int，str，list，dict等] (14:00 - 54:00)
  • Python的循环语句与判断[while，for，if...elif...else] (54:00 - 68:00)
  • Python的自定义函数[def]（69:00 - 79:00）
  • Python的文件读写[open] (80:00 - 95:00)

课程PPT及第1部分作业要求及答案：

第5次Live上机录像（第2部分）：20171030-教你用snakemake搭pipeline

网址

https://www.bilibili.com/video/av15908415/

主要内容

  • snakemake的优势(00:00-03:00)
  • snakemake的基础格式(03:00-09:00)
  • 一个简单的snakemake流程(09:00-12:34)
  • 如何运行一个snakefile(12:34-17:51)
  • 把tophat2-cufflinks-cuffdiff写成一个snakemake流程(22:20-50:00)

第5次Live上机录像（第3部分）：20171106-学习Python做生信-实战练习

网址

https://www.bilibili.com/video/av16064125/

主要内容

  • 第1次直播作业的讲解，统计人类线粒体序列中长度及各种碱基的个数（0:00 - 22:00）
  • FASTQ格式转到FASTA格式（22:00 - 45:00）
  • FASTA格式的读取（45:00 - 59:00）
  • 探索人类基因组的长度，N区域，GC含量等信息，提取基因组的序列（59:00 - 97:00）
  • 探索人类转录组的exon总长度（98:00 - 128:00）

视频番外1：20171026-基于BWT算法的比对软件原理解析（BWA & Bowtie & Bowtie2）

网址

https://www.bilibili.com/video/av15743137/

第6次Live上机录像（第1部分，共2部分）：2017-11-30-R语言入门与基础绘图系统 Part I

网址

https://www.bilibili.com/video/av16817175/

主要内容

  • R 语言的入门 （8:00 - 40:00）
  • R 语言基础绘图系统，绘制histgram和barplot （40:00 - 66:00）
  • R 语言绘制RNA-Seq两个样本FPKM的Scatter plot (67:00 - 77:00)

第6次Live上机录像（第2部分，共2部分）：2017-12-03-R语言基础绘图详解heatmap与volcano plot

网址

https://www.bilibili.com/video/av16922046/

主要内容

  • 手把手教你，用R语言绘制RNA-Seq中Cuffdiff结果的volcano plot（1:00 - 63:00）
  • 手把手教你，用R语言写一个画热图的函数并可视化Hi-C数据（63:00 - 127:00）
  • 手把手教你，从热图中选择感兴趣的区域（127:00 - 135:00）

视频番外2：2018-01-07 生物信息学教程-GO, KEGG, DO富集分析

网址

http://www.bilibili.com/video/av18311108/

主要内容

  • RNA-Seq的分析概览 （4:40 - 9:30）
  • 什么是Gene Ontology（GO）,什么是GO富集分析 （10:00 - 26:00）
  • 使用R语言读取cuffdiff结果并选择差异表达基因 （28:00 - 40:00）
  • GO富集常用的网站工具，DAVID与EnrichR （40:00 - 50:00）
  • 安装调试做GO需要用的R包 （50:00 - 55:00）
  • 使用R语言对RNA-Seq的结果做GO，KEGG，DO富集分析 （55:00 - 80:00）
  • 对于有参非模式生物的注释文件的搜索与下载（80:00 - 90:00）

第7次Live上机录像：2018-02-05-转录组进阶分析

网址

https://www.bilibili.com/video/av19929350

主要内容

  • RNA-Seq的本质是什么？
  • RNA-Seq寻找差异基因是为了干什么？
  • Raw Count是什么东西？怎么算？
  • FPKM/TPM是什么东西？怎么算？
  • Cuffdiff的原理
  • DESeq2的原理及代码分享

第8次Live上机录像：2018-05-R与Bioconductor的入门课

网址

https://www.bilibili.com/video/av24355734

主要内容

  • Bioconductor官网中都有哪些干货，应该怎么学习？
  • 如何安装Bioconductor中的包？
  • Bioconductor分析基础之GRange到底能干点什么？
  • 如何使用BioStrings处理序列信息？
  • 如何获得任意一段human genome的序列信息？
  • 如何统计human各条染色体的长度及GC含量？
  • 如何使用rtracklayer读取文件（以GTF文件为例）？
  • 如何将不同版本的基因组坐标进行互相转换？
  • 如何将公共数据的ChIP-Seq peak信息与基因结构信息进行批量可视化？
  • 如何使用GEOquery获取发表数据信息？

About

生物信息学交流资料