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The public brain 3D vessel datasets, include TubeTK and MIDAS.

Brain 3D Vessel Datasets

本项目的目的是介绍大脑血管相关的3D数据集。公开的数据集包括MIDAS、TubeTK。

数据集

Designed Database of MR Brain Images of Healthy Volunteers

数据描述

数据集来自the CASILab at The University of North Carolina at Chapel Hill，其目标之一是通过对大脑MR图像定义的结构形状进行统计分析来评估疾病。这种评估的要求是了解健康解剖结构的形状范围。

作者提供了一个设计的MR数据库，包含100名健康受试者的大脑图像，其中每十年为一组，每组扫描20名患者（18-29、30-39、40-49、50-59和60+），每组均等按性别划分，并排除任何糖尿病、高血压、头部外伤、精神疾病或其他可能影响大脑的症状或病史的受试者。

图像是在标准化协议下通过Siemens Allegra head-only 3T MR system获取的。T1和T2图像以$ 1\times1\times1 \quad mm^3 $，体积大小为$ 176 \times 256 \times 176 \quad voxel $ 。MRA图像以 $ 0.5 \times 0.5 \times 0.8 \quad mm^3 $ 获取，体积大小为 $ 448 \times 448 \times 128 \quad voxel $。以及使用6个方向和体素大小为$ 2 \times 2 \times 2 \quad mm^3 $的扩散张量成像（DTI）。除了年龄和性别外，还记录了惯用手和种族。

数据地址

数据集最终提供了109个样本，每个样本均包含MRA模态和可能包含其他模态的图像。有两个地址可以下载该数据集，一个是通过MIDAS Data Server at Kitware, Inc发布，另一个则是在开源工具TubeTK社区。

MIDAS (https://www.insight-journal.org/midas/community/view/21)

MIDAS并没有提供血管的标记。但有一个德国研究机构在一篇论文研究中提供了20个样本的动脉血管标签。

• 研究机构：CLAIM - Charité Lab for AI in Medicine, Charité Universitätsmedizin Berlin

• 研究论文：BRAVE-NET: Fully Automated Arterial Brain Vessel Segmentation in Patients With Cerebrovascular Disease

• 标签地址：https://zenodo.org/record/3968844#.YYyQ8GBByUk

TubeTK (https://public.kitware.com/Wiki/TubeTK/Data)

TubeTK除了完整的数据集外，还比MIDAS多了一个子集，这个子集是在42个样本中提取的颅内血管系统（中心线 + 半径）。具有子集的样本可在辅组数据文件夹中找到血管网络注释。

然而，辅组数据文件夹内的血管网络注释是后缀为'.tre'的文件，文件内对中心线上的每个点的坐标和半径进行了注释。需要将'.tre'文件转换为矩阵。注释文件的详细信息见：TubeTK/TubeTK_VascularNetwork_annotation.md。将'.tre'文件转换为矩阵，并保存到NIfTI文件的代码在：TubeTK/TubeTK_VascularNetwork_tre2array。