Azure CycleCloud template for Quantum Chemistry and Molecular Dynamics (QCMD)

Prerequisites

QuantumESPRESOO 6.5,6.6,6.7,6.8,7.0 GPU: 7.0
ESM RISM QuantumESPRESOO
LAMMPS 7Aug2019, 3Mar2020, 29Oct2020, 29Sep2021 u1/2/3
GROMACS 2019, 2020, 2021, 2022
GAMESS US (Need to get source file set up project.ini and locates in blobs directory)
NAMD 2.14b1 (Need to get source file set up project.ini and locates in blobs directory)

~~### Windows VM Application~~ ~~1. Paraview 5.7.0~~ ~~1. VMD 1.9.3 (Need to get source file set up project.ini and locates in blobs directory)~~

tar zxvf cyclecloud-QCMD.tar.gz
cd cyclecloud-QCMD
run "cyclecloud project upload " for uploading template to CycleCloud
"cyclecloud import_template -f templates/openpbs_qcmd.txt" for register this template to your CycleCloud

This tempate support only single administrator. So you have to use same user between superuser(initial Azure CycleCloud User) and deployment user of this template

Azure CycleCloud はMicrosoft Azure上で簡単にCAE/HPC/Deep Learning用のクラスタ環境を構築できるソリューションです。

Azure CyceCloudのインストールに関しては、こちらのドキュメントを参照してください。

第一原理、量子化学、分子動力学アプリケーション用のテンプレートになっています。以下の構成、特徴を持っています。

~~## Windows VM アプリケーション~~ ~~1. Paraview 5.7.0~~ ~~1. VMD 1.9.3 (無料ですが、ライセンス制のため自身でファイル取得とproject.ini, blobsディレクトリへの設置が必要です)~~

OSS PBS ProジョブスケジューラをMasterノードにインストール、計算ノード(Execノード)にも自動設定
H16r, H16r_Promo, HC44rs, HB60rs, HB120rs_v2を想定したテンプレート、イメージ
- OpenLogic CentOS 7.6 HPC を利用
Masterノードに512GB * 2 のNFSストレージサーバを搭載
- Executeノード（計算ノード）からNFSをマウント
MasterノードのIPアドレスを固定設定
- 一旦停止後、再度起動した場合にアクセスする先のIPアドレスが変更されない

前提条件: テンプレートを利用するためには、Azure CycleCloud CLIのインストールと設定が必要です。詳しくは、こちらの文書からインストールと展開されたAzure CycleCloudサーバのFQDNの設定が必要です。

テンプレート本体をダウンロード
展開、ディレクトリ移動
cyclecloudコマンドラインからテンプレートインストール
- tar zxvf cyclecloud-QCMD.tar.gz
- cd cyclecloud-QCMD
- cyclecloud project upload (cyclecloud locker name)
- cyclecloud import_template -f templates/openpbs_qcmd.txt
削除したい場合、 cyclecloud delete_template QCMD コマンドで削除可能