Bienvenue sur mon repo github contenant mes différents projets pour le cours INFO-F-208 (bio-informatique). Nous aurons 4 projets au cours de cette fin d'année académique (2014)i pour ce cours:
- Une implémentation de l’algorithme Needleman-Wunsch et l’algorithme de Smith Waterman
- Une implémentation de l’algorithme BLOSUM construite en utilisant des données concernant les domaines protéiques BRD et PTB.
- Un algorithme qui construit des PSSM pour des ensembles de séquences alignées
- Une implémentation de l’algorithme GOR II pour prédire la structure secondaire des séquences
Ils devront êtres écris en python3.
Il faut implémenter deux ADT (Abstract Data Type):
- Un ADT de séquence qui représente une séquence d'acides aminés (et toutes les opérations qu'on peut réaliser dessus).
- Un ADT score qui représente une matrice de substitution et les opérations qu’on peut exécuter sur cette matrice.
###Partie 2: A venir.