このリポジトリは、ニューラルネットワークポテンシャル（NNP）の仕組みを試して見るための簡単なサンプルを入れてあります。
64原子系の結晶Siの第一原理MD計算から取得したデータがsample50.xyzです。
このファイルを処理して、対称性関数と呼ばれるニューラルネットワークへの入力を作るプログラムが
make_desc.ipynb, make_desc_large.ipynbです。
後者は対称性関数の計算につかうハイパーパラメータを論文
に合わせてあります。
エネルギーの予想ができるNNPの最もシンプルなバージョンがSimpleNNP.ipynbです。
パラメータをチューニングしたものを使い、GPUで早く動かせるようにしてあるものがSimpleNNP2.ipynbです。
これらのサンプルを動かすためには、ase, dscribe, pytorchのパッケージ必要です。