donghyunlee / DeepBio

DeepBio

DeepBio

스터디 정보

파이썬을 이용한 바이오인포매틱스 + 딥러닝에 대한 스터디입니다

공유폴더

https://drive.google.com/drive/folders/0B6bSLTlVnagfQ1ozTnV0anRqQWc

교재 정보

• 파이션 기초 - 정보교육을 위한 파이썬 ( http://python.xwmooc.org/ )
• bioPython 교재 - Bioinformatics with Python Cookbook ( http://www.amazon.com/gp/aw/d/1782175113 )
• Theano 교재 1 - Theano 기초 ( http://deeplearning.net/software/theano/tutorial/ )
• Theano 교재 2 - Deeplearning ( http://deeplearning.net/tutorial/deeplearning.pdf )

데이터 분석 실습

• 실습 주제 : 암 환자 RNA정보를 활용한 암 예측 모델 개발
• 암환자 RNA 정보 획득방법 및 Data 구조파악
• 암환자 mRNA 데이터 수집 및 구조
• 암환자 mRNA데이터를 DB와 HBase에 올리기
• 암환자 mRNA에서 학습용, Valiaiotion용, Test용 데이터 만들기
• 실습 계획 :
  • 1. 회귀모형을 활용한 모형 개발
  • 2. Multilayer Perceptron을 활용한 모형 개발
  • 3. DBN을 활용한 모형 개발
• 실습 환경 : NCloud 서버 4대와 스터디 구성원의 준비해주는 장비

서버명	서버OS	서버 구성	공인 IP	PORT 영역
biospin	ubuntu 14.04	8CPU, 16G Mem, 500G HDD	211.249.50.37	1xxxx, 예) 18888
darwin	ubuntu 14.04	8CPU, 16G Mem, 500G HDD	211.249.50.37	2xxxx, 예) 28888
babelpish	ubuntu 14.04	4CPU, 16G Mem, 500G HDD	211.249.50.159	3xxxx, 예) 38888
psygrammer	ubuntu 14.04	4CPU, 16G Mem, 500G HDD	211.249.50.159	4xxxx, 예) 48888

S/W	node01(darwin)	node02(biospin)	node03(babelpish)	node04(psygrammer)
Hadoop2.6	NameNode	NodeManager	NodeManager	NodeManager
	DataNode	DataNode	DataNode	DataNode
	ResourceManager
	SecondaryNameNode
Hbase1.1.2			HMaster
			HRegionServer	HRegionServer
Zookeeper				QuorumPeerMain
Spark 1.5		Master
	Worker	Worker	Worker	Worker
MariaDB		mysqld

참고 자료

• Bengio 교수의 딥러닝 강의 - 딥러닝에 대한 깊은 통찰을 얻을 수 있음.
• 스탠포드대학의 Convolutional Neural Networks for Visual Recognition 강의 - 딥러닝에 사용되는 수식을 쉽게 설명
• Docker로 Caffe 실습하기
• Basset-Deep convolutional neural networks for DNA sequence analysis
• 남광우님의 Basset 노트
• Theano의 Graph Structures예제에서 발생하는 오류 해결방법
• NVIDA CUDA 드라이버설치 방법
• [우분투 14.04에 NVIDA CUDA 드라이버설치 ] (https://github.com/biospin/DeepBio/blob/master/reference/00_cuda_install.ipynb)
• 손고리즘ML 발표자료
• 인공신경망과 딥러닝 무료 강좌 한글
• udacity의 Deep Learning강좌 영어

스터디 공지

• 02월 23일 DeepBio:파트 4 - 3회차
• 02월 16일 DeepBio:파트 4 - 2회차
• 02월 02일 DeepBio:파트 4 - 1회차
• 01월 26일 DeepBio:파트 3 - 4회차
• 01월 19일 DeepBio:파트 3 - 3회차
• 01월 12일 DeepBio:파트 3 - 2회차
• 01월 05일 DeepBio:파트 3 - 1회차
• 12월 29일 DeepBio:파트 2 - 4회차
• 12월 15일 DeepBio:파트 2 - 3회차
• 12월 08일 DeepBio:파트 2 - 2회차
• 12월 01일 DeepBio:파트 2 - 1회차
• 11월 24일 DeepBio:파트 1 - 4회차
• 11월 17일 DeepBio:파트 1 - 3회차
• 11월 10일 DeepBio:파트 1 - 2회차

Schedule

Part 1.

1. 장소: 토즈 신촌본점 ( http://www.toz.co.kr/branch/main/index.htm?id=5 )
2. 매주 화요일, 저녁 7시 30분~10시
3. 시작: 2015년11월 3일

seq.	날짜	내용	후기
1	2015/11/03	오리엔테이션( 김무성 )	[남광우님] (https://www.facebook.com/groups/biospin/permalink/770735179703033/)
		(가상머신)우분투 OS에서 BioPython과 Theano 설치 ( 지용기)	먹방사진
		(Docker)Mac에서 BioPython과 Theano 설치 (박세진)
2	2015/11/10	(파이션 기초) 2장 변수,표현식,문장 와 3장 조건부실행 (안효준)	김강용님
		연습문제풀이
		(Theano) Theano 기초 - NumPy refresher과 Baby Steps - Algebra(박세진)	김가경님
3	2015/11/17	(파이션 기초) 4장 함수, 5장, 6장 문자열(이찬희), 7장 파일(조익연)
		5장연습문제 6장연습문제 7장연습문제
		(Theano) Theano 기초 - More Examples(안효준)	김가경님
4	2015/11/24	(파이션 기초) 8장 리스트 와 9장 딕셔너리 (김미송), [10장 튜플(성민경) ] (https://github.com/biospin/DeepBio/blob/master/part01/Week1_151117/chap10_Tuple_study.ipynb)	뒷풀이
		9장 연습문제	김가경님
		(Theano) Theano 기초 - Graph Structures과 Printing/Drawing Theano graphs(최홍용)
		(보강) Theano 기초 - More Examples(지용기)

Part 2.

seq.	날 짜	내용	후기
1	2015/12/01	(파이션 기초) 11장 정규표현식, 12장 네트워크 프로그램과 13장 웹서비스(김슬기)	후기&뒷풀이
		[11장 연습문제] (https://github.com/biospin/DeepBio/blob/master/part02/Week1_151201/11%EC%9E%A5%EC%97%B0%EC%8A%B5%EB%AC%B8%EC%A0%9C.ipynb)
		(Theano) Theano 기초 - Derivatives in Theano (박혜진)
2	2015/12/08	(파이션 기초) 14장 데이터베이스와 SQL, Relational Databases, 15장 데이터 시각화와 16장 (이승현)	후기
		(Theano) Theano 기초 - Configuration Settings and Compiling Modes 와 Loading and Saving(성민경)
3	2015/12/15	(bioPython ) 1장: Python and the Surrounding Software Ecology, Interface R, R Magic (김가경)
		(Theano) Theano 기초 - Conditions과 Loop, inotebook (조강익)
		(특강)우분투에 CUDA 설치 (지용기)
4	2015/12/29	(bioPython ) 2장: Next-generation Sequencing (김가경)	후기
		(Theano) Theano 기초 - Sparse 과 Using the GPU (문명진)
		(논문리뷰) Assessing the clinical utility of cancer genomic and proteomic data across tumor types, 논문코드 실습(성민경)

Part 3.

seq.	날 짜	내용	후기
1	2016/01/05	(bioPython ) 3장: Working with Genomes (박혜진)	후기
		(Theano) Deeplearning - 3장 GETTING STARTED, 4장 Classifying MNIST digits using Logistic Regression (이승우)
2	2016/01/12	(bioPython ) 4장: Population Genetics (성민경)	후기
		(보강) 회귀분석 기초 (김가경)
		(실습) 암 환자 RNA정보를 활용한 암 예측 모델 개발 - 암환자 RNA 정보 획득방법 및 Data 구조파악
3	2016/01/19	(bioPython ) 5장: Population Genetics Simulation (이승현)	후기
		(Theano) 5장 Multilayer Perceptron 이론 (박혜진)
		(Theano) 5장 Multilayer Perceptron 코드설명 및 실습
		(실습) 암 환자 RNA정보를 활용한 암 예측 모델 개발 - Data 전처리(지용기)
4	2016/01/26	(bioPython ) 6장: Phylogenetics (류재면)	후기
		(Theano) 6장 Convolutional Neural Networks (LeNet) 이론1, CNN 이론2(황성원)
		(Theano) 6장 Convolutional Neural Networks (LeNet) 코드설명 및 실습
		(보강) Tensor (황성원)
		(보강) Tensor 참고자료
		(실습) 암 환자 RNA정보를 활용한 암 예측 모델 개발 - 회귀모형을 활용한 모형 개발(박혜진)

Part 4.

seq.	날 짜	내용
1	2016/02/02	(bioPython) 7장: Using the Protein Data Bank(박혜진)
		(Theano) 7장 Denoising Autoencoders (dA) 이론(지용기)
		(Theano) 7장 Denoising Autoencoders (dA) 코드설명 및 실습
		(실습) 암 환자 RNA정보를 활용한 암 예측 모델 개발 - Multilayer Perceptron을 활용한 모형 개발 (1)(박혜진)
2	2016/02/16	(bioPython)8장: Other Topics in Bioinformatics
		(Theano) 8장 Stacked Denoising Autoencoders (SdA) 이론(김가경)
		(Theano) 8장 Stacked Denoising Autoencoders (SdA) 코드설명 및 실습
		(실습) 암 환자 RNA정보를 활용한 암 예측 모델 개발 - Multilayer Perceptron을 활용한 모형 개발 (2)(박혜진)
3	2016/02/23	(Theano) 9장 Restricted Boltzmann Machines (RBM) 이론(황성원)
		(Theano) 10장 Deep Belief Networks 실습 (성민경)
		(실습) 암 환자 RNA정보를 활용한 암 예측 모델 개발 - DBN을 활용한 모형 개발 (2)(성민경)