Mi proyecto es una aplicación en terminal para manejar y visualizar archivos de secuencias virales, en pocas palabras es un archivero de genomas virales La versión menugen_v2.py es la más estable.
Diana MendozaSe trata de un menú que permite realizar algunas actividades de gestión de archivos. La particularidad es, que se utilizan secuencias de genes virales, obtenidos del GenBank
- Enlistar documentos de archivos de secuencias virales en .txt
- Despliega el contenido del fragmento de secuencia viral
- Permite la eliminación de archivos
En tu terminal ejecuta la siguiente línea (recuerda tener instalado python3) y si estás en Windows, hacerlo desde tu Powersheel activando tu Ubuntu.
python3 menugen_v2.1.py
python3 menugen_v2.py
Importante: almacenar las secuencias virales en archivos .txt (convertir a partir del archivo fasta tradicional .fa) en la carpeta de trabajo en donde se encuentre el código
En automático se desplegarán las siguientes opciones (versión v2.1):
¿Qué secuencia quieres conocer?
A) Dime cuáles tienes
B) Leer secuencia - automático
C) Leer secuencia -manual
D) Eliminar secuencia
E) Limpiar pantalla
F) Adiós
- A) Dime cuáles tienes : te enlista las secuencias que hay en el sistema
- B) Leer secuencia - automático : te muestra 2 secuencias (adenovirus de perro y adenovirus de pollo) *revisar áreas de oportunidad
- C) Leer secuencia -manual: te permite abrir secuencias en formato
.txt(Virus_canino.txtyVirus_pollo.txt) ojo: debes ingresar [Nombre de archivo].txt - D) Eliminar secuencia: te pide el nombre exacto del archivo a eliminar
- E) Limpiar pantalla: te ayuda a despejar tu espacio de trabajo, así como a mostrarte denuevo las opciones del menú principal
- F) Adiós: te da salida de la aplicación
- Tuve dificultad para poder darle stop al despliegue de resultados por cada opción, lo que se traduce en que se despliegan en loop interminable.
- Quise adaptar una opción automática de despliegue, metiendo un listado dentor de una de las opciones, sin mebargo, me parece que aunque tengo definidas las funciones, no lo pude llamar del todo bien en el método.
- Esta aplicación en terminal es dinámica y como perspectivas se me ocurre que pueda ser ligar al ftp o api del NCBI para descargar fragmentos de genes de interés (para este proyecto, no se descargó lasecuencia completa del virus, solo una parte de un gen de adenovirus) y automatizar la conversión de
.faa.txt
- Todo el equipo de Código Facilito, por sus enseñanzas y compromiso. Estoy segura de que revisaré a fondo mis clases.
- A nuestros compañexs de grupo del Bootcamp, en especial a @LuisRalo96 que con base en el código que nos compartió tuve inspiración y apoyo para levantar el proyecto final que entrego.