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생명과학 숙제의 일환으로 작성. 유전적 다양성에 대한 모의실험.

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diversity

생명과학 숙제의 일환으로 작성(예?). 유전적 다양성에 대한 모의실험.

발표 자료

https://prezi.com/h0yrwawjo3q7/presentation/

실험 내용

환경은 1에서 100까지의 숫자를 가진다. 각 개체도 마찬가지이고, 각 개체는 모두 하나의 개체군에 포함되어 있다. 각 개체군은 100개의 개체를 가지며, 서로 다른 돌연변이율을 가진다. 환경의 변화율과 돌연변이율은 random.gauss(mu, sigma)의 sigma값이다. 각 개체군의 돌연변이율은 0.1, 0.5, 1, 3, 5이고, 실험한 환경의 변화율은 0.1, 0.4, 1, 2, 3..., 10 총 12가지이다. 환경값과 개체의 값이 가까울수록 개체가 살아남을 확률은 높아지지만 100이 아니며, 멀어질수록 낮아지지만 0이 아니다. 살아남은 개체는 두 자손을 남기며, 부모 개체는 죽는다. 모든 개체의 합이 500개가 넘지 못한다. 이 과정을 100회 반복 후, 최종 개체수를 구한다.

실험 결과

직접 보시길. 혹은 Colaboratory 문서(diversity.ipynb)를 보아도 된다.

앞으로 할 일

  1. 실험 자동화. 지금은 인수로 환경의 변화율을 직접 넣어줘야 하는데, 이를 자동화하자.
  2. 개체군 수/개체 수 증가. 5개의 개체군과 500개의 개체는 너무 적다. 개체군도 자동으로 한 20개정도 만들면 좋을 것 같다.
  3. 결과정리 자동화. 실험 결과의 평균값은 직접 낸 것이다. 자동화하자.

Colaboratory로 대체한다. 소스 코드에 약간의 수정이 있었다. https://github.com/dhnam/diversity/blob/master/diversity.ipynb

About

생명과학 숙제의 일환으로 작성. 유전적 다양성에 대한 모의실험.


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