chen0031 / Sail_vina_2.0

Autodock Vina对接GUI界面

重构已经完成，代码更容易阅读，bug修复，增加新功能，但是目前没有教程，欢迎试用。https://github.com/beikwx/SailVina

Sail_vina_2.0

Autodock Vina对接GUI界面

开发中……，已经完成：

1. 准备受体
2. 准备配置文件
3. 准备配体
4. 批量对接
5. 生成配体-蛋白复合物

下一步计划：

1. 提取分数
2. 计算RMSD

---

软件的安装：

方法一：下载main.zip到需要安装的目录，解压，直接运行内部的main.exe文件即可。
软件界面：
注意：本软件的解压路径不要包含空格和中文！
方法二：克隆本项目到本地，在SailVina中用python运行main.py

• 需要requests（下载pdb）、biopython（准备受体）模块，使用pip安装即可。

系统需求：

• 安装obabel
  64位下载 32位下载
• 安装ADT
  ADT下载

---

教程：伊马替尼以及自定义配体和络氨酸激酶对接

可以通过本教程测试软件是否配置正确，建议使用同样的文件夹。

新建本教程文件夹：
D:/test_sailvina/Ligands/mol
D:/test_sailvina/Ligands/pdbqt
D:/test_sailvina/Proteins/1IEP_imatinib
D:/test_sailvina/Docking_output

0. 配置脚本
   • 点击脚本配置，点击"选择adt的python路径"，选择ADT中的python.exe。比如C:/DrugDesign/mgltools/python.exe。
   • 点击"选择obabel.exe的路径"，选择安装的obabel的obabel.exe。比如C:/OpenBabel-2.4.1/obabel.exe。点击确定。 出现路径配置成功表示配置完成。
1. 下载pdb
   准备受体界面，下载受体。
   • PDBID输入1iep，点击"选择保存的路径"选择D:/test_sailvina/Proteins/1IEP_imatinib，点击开始下载。
     
2. 准备受体
   准备受体界面，准备受体。
   • 点击"选择受体"，选择D:/test_sailvina/Proteins/1IEP_imatinib/1iep.pdb
     • 点击"受体信息"可以看到选择受体的基本信息，比如名称，结晶方法，打开文献的网页等
       
   • 点击"配体输出路径"，选择D:/test_sailvina/Ligands/pdbqt
   • 点击"提取配体"。model选择0，下一步，chain选择A，下一步，选择STI点击提取配体。 关闭"提取配体"窗口。
   • 点击"受体输出路径",选择D:/test_sailvina/Proteins/1IEP_imatinib。点击准备受体。
   • 会自动检测同源链，点击否不删除同源链（测试发现删除同源链会出现一些问题）
3. 生成对接config文件
   准备对接配置界面，工具
   • 点击"读取共晶配体"。选择D:/test_sailvina/Ligands/pdbqt/A_STI.pdbqt
   • 点击"计算对接位点",点击"确定"，参数会变成如下（由于盒子总大小不能超过27000，所以如果过大需要根据实际需求修改盒子大小）
     
   • 点击"选择输出目录"，选择D:/test_sailvina/Proteins/1IEP_imatinib，点击"输出"
4. 准备配体
   使用化学作图软件（Chemdraw等）绘制出要对接的配体，保存成mol格式。（作为对接的验证，需要重新绘制原始共晶配体进行再对接re-docking，根据rmsd来判断对接的可靠程度。）本教程绘制2个，伊马替尼和尼洛替尼。保存到D:/test_sailvina/Ligands/mol文件夹中
   准备配体界面中，输入选项。
   • 输入格式选择mol
   • 点击"选择文件夹"，选择D:/test_sailvina/Ligands/mol
   • 输出选项中，输出格式选择pdbqt，其余保持默认。
   • 点击"选择输出文件夹", 选择D:/test_sailvina/Ligands/pdbqt。
   • 点击"开始转换"
     
5. 分子对接
   分子对接界面中
   • 选择配体中，点击"选择单/多个配体",选择imatinib.pdbqt和Nilotinib.pdbqt;
   • 选择受体中，点击"选择受体文件夹"，选择D:/test_sailvina/Proteins/1IEP_imatinib
   • 结果输出中，点击"选择输出文件夹"，选择D:/test_sailvina/Docking_output
   • 点击“开始对接”即可进行对接。（由于Vina对接会消耗大量CPU资源，如果出现未响应为正常现象，请等待对接完成）
     
6. 生成共晶配合物
   生成复合物界面中
   • 输入格式选择pdbqt，其余保持默认。
   • 点击"选择单/多个配体"，选择D:/test_sailvina/Docking_output/1IEP_imatinib/imatinib_out1.pdbqt
   • 点击"选择受体", 选择D:/test_sailvina/Proteins/1IEP_imatinib/preped.pdbqt
   • 点击"选择输出文件夹",选择D:/test_sailvina/Docking_output
   • 点击"结合"即可生成配体受体复合物。
   • 将该pdb上传到plip即可查看分子间作用力（注意这里没有水分子，vina对接也没有水分子）