大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)では、科学技術振興機構(JST) バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)が主催している初心者向けの統合データベース講習会AJACSを補完する形で、中上級者向けにAJACSadvanced講習会を実施しています。 今回、関西医科大学(大阪府枚方市）を会場として、RNA-seqで得られる遺伝子発現データを定量化する方法を学ぶハンズオン講習会を以下の要領で開催いたします。
- 日時： 2019年7月25日(木) 午前9時30分〜午後5時00分、26日（金） 午前9時30分〜午後0時00分 （講習会本体は25日の1日のみで終了、個別の技術的な相談がある方は翌日26日に受け付けます）
- 会場: 関西医科大学 第一講義室 (〒573-1010 大阪府枚方市新町2-5-1 関西医科大学 医学部棟 1階)
- 参加対象者
- 「次世代シークエンサーDRY解析教本」（秀潤社 2015) Level1-②「コマンドラインの使い方」にあるUNIX操作を一通りマスターした程度のUNIXのコマンドラインが使える方
- MacもしくはLinuxが使えるPCを持ち込める方(講習はMacで行いますので各自コンピュータを持ち込んでください。貸出はありません)
- ストレージ(USB接続の外付けハードディスクでも可)に十分な空き容量(約1５Gbyte以上)があること
- メモリ 8GB以上、CPU２コア以上を推奨
- 最大受講人数: 20名
- 応募者多数の場合は主催者側で選定させていただきます。
- 各研究グループから1人のみの参加とします。
- 応募が非常に多数の場合は各大学もしくは研究機関から1名なる場合があります。
- 参加費: 無料
- プログラム
- 25日
- 9:30-10:00 遺伝子発現データ解析とは? 講師：坊農秀雅(DBCLS)
- 10:00-11:30 疾患・表現型データベース-Gendoo、OMIM、他- 講師: 仲里猛留(DBCLS) 【参考資料】
- 13:00-17:00 遺伝子発現データ解析の実際（ハンズオン） 講師: 坊農秀雅(DBCLS)
- 参考図書: 生命科学データ解析を支える情報技術 (技術評論社 2019)
- ツールをインストールし、データを取得するところから講習しますので、事前の準備は特に必要ありません。
- 実際に関西医科大学から発表された論文で公開されたヒト細胞株のデータを例として用います。
- データサイズが一つあたり数GBほどと大きいので、外付けハードディスクで講習中にお渡しする予定です。
- 26日
- 9:30-12:00 個別の技術的な相談
- 25日
- お問い合わせ: DBCLSの担当者にこちらのフォームよりお問い合わせください
- 主催: 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター、関西医科大学 附属生命医学研究所侵襲反応制御部門
- 共催: 関西医科大学大学院講座 （申請中）
参加登録はこちらのGoogleフォームから2019年7月18日(木)午後5時までにお願いします。
なにかご不明な点などありましたら、DBCLSの「お問い合わせ」からご送信下さい。参加者多数の場合は早めに参加募集を打ち切ります。また、同一研究グループから複数の参加等選考が必要になる場合には、7月18日(木)までに連絡いたします。参加確定の連絡は7月18日(木)にいたします。