Giters

bienseo / dtiPreproc

FSL topup to eddy preprocessing

Geek Repo:Geek Repo

Github PK Tool:Github PK Tool

#DTI preprocessing script

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InputDir specification

################################################ DTIdirectories = getDTIdirectory(args.directory)

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OutputDir specification

################################################ outputDir = os.path.join(args.directory,'DTIpreproc')

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Preparation

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  • dicomConversion(outputDir,DTIdirectories)

  • nameChange(outputDir)

  • extractB0images(outputDir)

  • writeAcqParams(outputDir)

  • makeEvenNumB0(outputDir)

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Running topup

################################################ topup(outputDir)

About

FSL topup to eddy preprocessing

Languages

Language:Python 100.0%