StevenHaojc / 3Dmedical_image_segment_pipline

参考 MONAI_tutorial

讲解视频

https://www.bilibili.com/video/BV12N411J7s7/

demo演示

demo.ipynb

训练自己的分割模型pipline

1. 配置环境

pip install -r requirements.txt

2. 整理数据集，参见视频教程

3. 若为dicom格式，转换为 NIFTI

      dicom2nii.ipynb
   

4. 生成数据集json文件

    generate_json.ipynb
   

5. 训练

    train_brain.ipynb
   

6. 推理

    inference.ipynb
   

7. 计算体积

      compute.ipynb