В Magento 2 используется постобработка файлов с генерацией дополнительных классов Factory, Proxy и т.д. с использованием Reflection Api и токенов.
Так как закрытые файлы невозможно разобрать этими способами, используется предварительная компиляция данных.
Ветка 2.1.x предназначена для работы с Magento 2.1.x
Ветка 2.2.x предназначена для работы с Magento 2.2.x
В режиме разработчика необходимо заменить один файл ядра vendor\magento\framework\Code\Reader\ClassReader.php на файл из репозитория, так как он подключается до DI и не может быть переопределен.
В режиме ручной установки, необходимо создать папку app\code\Ioncube\Di и загрузить в нее файлы из репозитория выбрав нужную ветку в соотвветствии с версией Magento. И включить модуль bin/magento module:enable Ioncube_Di