RodrigoZepeda / covidmx-predict

Modelos de predicción para casos de COVID-19 en México

covidmx-predict

Docker con modelo de predicción de COVID-19 (incapacidades o casos).

Ejecución

El orden de la ejecución es como sigue:

docker run -it --mount src=`pwd`,target=/data,type=bind rodrigozepeda/covidmx "archivo_de_casos.csv" "encoding" "dias a predecir" "tipo de modelo" "¿actualizar modelo?"

Como ejemplo el siguiente lee casos_ejemplo y predice los próximos 180 días bajo el modelo de covid el cual se actualiza auto(máticamente).

docker run -it --mount src=`pwd`,target=/data,type=bind rodrigozepeda/covidmx:v0.5.0 "casos_ejemplo.csv" "UTF-8" "180" "covid" "auto"

donde

• casos_ejemplo.csv es el archivo diario agregado por casos, (descarga el ejemplo)
• UTF-8 es el encoding (para readr::read_csv()) (otra opción es WINDOWS-1252)
• 180 son los días a predecir (futuro), covid es los casos a predecir del modelo (opciones a agregar futuras: dengue),
• auto es si actualizar el modelo automáticamente desde internet (la otra opción es "no").

Nota Para un funcionamiento óptimo requiere conexión a Internet si se permiten actualizaciones mediante auto.

Datos

Los datos deben representarse en un .csv (encoding UTF-8) con la siguiente estructura (ver casos_ejemplo.csv)

Fecha	Total de casos	Entidad
2020/01/01	12	AGS
2020/01/01	84	BC
2020/01/02	0	AGS
2020/01/02	5	BC

• Hay 32 entidades.
• El nacional se calcula como la suma de los casos por entidad para la misma Fecha.
• La fecha es en formato ymd.
• Los datos son diarios.

Especificaciones adicionales IMSS:

• El modelo comienza en 2020.

• Los códigos CIE-10 que se incluyen son: ICD-10 (J01, J04-J06, J20, y J21), gripa (J10/ J11), neumonía (J12, J18), COVID-19 (U07.1, U07I, y U07S), y cualquier diagnóstico con la palabra COVID-19 o su sospecha.

• Se excluyen trabajadores IMSS.

Actualización

De manera automática el Docker verifica que la versión existente del modelo en el Github en version.txt y si el archivo es más reciente descarga el modelo de Github y corre ese.