Reproducibility-FBB-MSU / GOATOOLS_repr

Воспроизведение некоторых результатов из статьи про GOATOOLS: A Python library for Gene Ontology analyses (DOI:10.1038/s41598-018-28948-z)

Geek Repo:Geek Repo

Github PK Tool:Github PK Tool

GOATOOLS

GOATOOLS: A Python library for Gene Ontology analyses (DOI:10.1038/s41598-018-28948-z) В рамках студенческого проверка по python были/будут воспроизведены некоторые результаты, представленные в статье: -Fig. 5B, D

В репозитории присутсвует пакет скриптов goatools, так как при установке с помощью pip скачивается более старая версия goatools, в которой отсутствую некоторые полезные функции для работы с GOTerms, например get_all_upper(), с помощью которой можно найти все вышестоящие вершины графа(=найти всех родителей).

About

Воспроизведение некоторых результатов из статьи про GOATOOLS: A Python library for Gene Ontology analyses (DOI:10.1038/s41598-018-28948-z)


Languages

Language:Python 98.8%Language:Jupyter Notebook 1.2%