PunicagranatumL / Pome_GO_and_KEGG_enricher

do GO and KEGG enrichment with R package clusterprofiler using Tunisia protein id

Pome_GO_and_KEGG_enricher

参考文章

http://blog.sciencenet.cn/blog-3406804-1213409.html

遇到的问题

enricher()函数中minGSSize和maxGSSize参数分别起到什么作用呢？

KEGG 富集遇到的问题

使用挑选出来的MYB这些蛋白id不指定universe这个参数的时候一直遇到

No gene set have size > 10 ...
--> return NULL...

universe_gene<-pathway2gene[!duplicated(pathway2gene$gene),]$gene

用universe_gene作为universe的输入，随机选择100个id,p/q value都设置为1是可以得到结果的， 不太明白。。。。。。