NIIF / nce

NIIF Common Environment

NIIF Common Environment

NIIF Common Environment is a Modules based shell environment tree.

A NIIF általános környezet egy Modules alapú shell környezet fa.

Használat

A module környezetet a $HOME/.bashrc fájlban lehet aktiválni. Helyezzük el a következő sorokat az előbb fájl végére:

module use /opt/nce/modulefiles
module load nce/global
module load niif/<SITE>

ahol a <SITE> értéke a következő gépspecifikus érték lehet: budapest, debrecen, pecs, szeged. Például a budapesti gépen a module load niif/budapest-nek kell szerepelni.

Elérhető modulok listája:

module avail

Betöltött modulok listája:

module list

A modulok a következő elv szerint vannak rendezve: [csoport/]program[/verzió]. A csoport és a verzió opcionális. Például a NetCDF könyvtár GCC 4.7.2-es fordítóval készített verziója a netcdf/4.2.1.1-gcc-4.7.2 modulban található. Az egymást kizáró modulok automatikusan kitöltődnek, a modulok csak betölteni kell, például a NetCDF Intel fordítóval készített változatára a module load netcdf/4.2.1.1-intel pranccsal lehet váltani.

Részletes információ a modul tartalmáról:

module show <MODULE>

Általában minden modulnak megfelel egy program könyvtár is, ahol a tényleges alkamazás találhat, a module csak környezeti változókat manipulál.

Vannak meta modulok is, amik több, egy csoportba tartozó modult töltenek be. Például a GNU alapú környezet így tölthető be:

module load nce/niif/gnu

Az Intel alapú környezetre így válthatunk át:

module load nce/niif/intel

NIIF Common Environment

Install

Install NCE into a shared directory and link to /opt/nce

ln -s <INSTALL DIRECTORY>/nce /opt/nce

Usage

Hook modules in you $HOME/.bashrc:

module use /opt/nce/modulefiles
module load nce/global
module load niif/<SITE>

Where niif/<SITE> is the site specific initialization, currently budapest, debrecen, pecs, szeged.

PRACE PCPE compilance

Tool	Description	Module Name	Level	Priority	Comments
bash	BASH Shell	NA	required	normal	default shell
tcsh	TC Shell	NA	required	normal	not recommended
OpenSSH	Secure Shell	NA	required	normal
Emacs	Emacs text editor	NA	required	normal
nedit	Text editor	nedit	required	normal
C	C compiler	c	required	normal	nce/niif/intel
C++	C++ compiler	c++	required	normal	nce/niif/intel
Fortran	Fortran compiler	fortran	required	normal	nce/niif/intel
Java	Java compiler	java	required	normal	jre
Perl	PERL	NA	required	normal
Python	Python	NA	required	normal
TCL	TCL	NA	required	normal
TK	TCL GUI toolkit	NA	required	normal
gmake	GNU Make	NA	required	normal
MPI	MPI	mpi	required	normal	openmpi(intel)
BLACS	BLACS	blacs	required	normal
BLAS	BLAS	blas	required	normal	acml
LAPACK	LAPACK	lapack	required	normal	acml
ScaLAPACK	ScaLAPACK	scalapack	required	normal	scalapack(intel)
FFTW 2	FFTW v2	fftw2	required	normal	not provided
FFTW 3	FFTW v3	fftw3	required	normal
HDF5	HDF	hdf5	required	normal
NetCDF	NetCDF	netcdf	required	normal

SLURM ütemező

A SLURM egy modern job ütemező, amely támogatja az interaktív és a kötegelt (batch) használatot is. Az ütemező állapotáról az sjstat paranccsal, a jobok állapotáról az squeue -l paranccsal kaphatunk információt.

Minden job rendelkezik egy egyedi azonosítóval (<JOBID>), ennek ismeretében különböző műveleteket lehet elvégezni:

• Job információ: squeue -j <JOBID>
• Job leállitása: scancel <JOBID>

Minden felhasználó egy vagy több projekt számla (account) tartozhat. Minden projekt számlához CPU óra időlimittel is rendelkezik. A szupergépeken csak a projektszámlák terhére lehet feladatokat futtatni, ezért nagyon fontos, hogy mindig állítsunk be időlimitet a jobokhoz. A projektek állapotáról a következő paranccsal kapunk információt:

sbank balance statement

Az oszlopok jelentése a következő:

1. felhasználó neve
2. felhasználó CPU óra fogyasztása
3. projekt neve
4. projekt CPU óra fogyasztása
5. projekt CPU óra limit
6. a projekt hátralévő CPU órái

Időlimitet a --time days-hours:minutes opcióval, a terhelendő projektszámlát pedig az --account=projekt opcióval kell megadni, pl.: batch jobok esetén a következő két opciónak szerepelnie kell:

#!/bin/bash
#SBATCH --account=teszt
#SBATCH --time=1-20:10

Ebben a példában a teszt projekt terhére egy 1 nap, 20 óra, 10 perc hosszú foglalást hozunk létre.

Kötegelt használat

Egyszálú programok (nem array job)

Figyelem! Egyszálú programok futtatására az un. array job mód való. Ha mégsem erre van szükségünk, akkor a következő job szkript alapot kell használnunk (slurm.sh):

#SBATCH --job-name=serial
#SBATCH -n 32
#SBATCH -o slurm.out
srun envtest.sh

ahol az envtest.sh szkript indítja el az egyszálú programot. A program kimenetét a slurm.out fájlban találjuk. Teszteléshez használjuk a következő egyszerű szkriptet:

#!/bin/bash
echo -n "$(hostname): "
echo "PROCID=$SLURM_PROCID  NODEID=$SLURM_NODEID  NNODES=$SLURM_NNODES  LOCALID=$SLURM_LOCALID      NPROCS=$SLURM_NPROCS  NTASKS=$SLURM_NTASKS"

Az ütemező SLURM kezdetű shell változókat exportál a jobok számára. A SLURM_PROCID változóban található az adott szál azonosítószáma, ebben a példában (32 szál) 0-tól 31-ig. Az egyes szálak kimeneteit ennek segítségével lehet különböző fájlokba írni, pl.:

echo -n "$(hostname): " > out.$SLURM_PROCID

Bővebben

Egyszálú, tömbfeladatok, array job

Tömbfeladatokra akkor van szükségünk, ha több egyszálú programot szeretnénk futtatni:

#SBATCH --job-name=array
#SBATCH --array=1-32
srun envtest.sh

Az egyedi azonosítót ilyenkor a SLURM_ARRAY_TASK_ID változó tartalmazza. A kimeneti fájlok slurm_<JOB_ID>_<TASK_ID>.out nevűek lesznek.

Párhuzamos futtatás

OpenMP

Az OpenMP (OMP) párhuzamosítás SMP gépeken működik, ezért maximum egy node-ot lehet lefoglani ilyen feladatok számára. Alapértelmezésben az OMP szálak száma a processzorok számával lesz egyenlő:

#SBATCH --job-name=omp
#SBATCH -N 1
#SBATCH -o slurm.out
export OMP_NUM_THREADS=$NCE_COMPUTE_SLOTS
./a.out

Az a.out OMP program 24 szálon fog elindulni. Amennyiben kevesebb szálra van szükségünk, akkor az OMP_NUM_THREADS változó értékét kell beállítani, pl.:

OMP_NUM_THREADS=12 ./a.out

Figyelem! Az ütemező ilyen esetben is 24 processzorral számolja az elfogyasztott CPU időt, ezért csak indokolt esetben változtassunk a szálak számán.

MPI

A Slurm rendelkezik MPI támogatással, ezért az MPI futtatókörnyezetet nem kell külön paraméterezni. MPI programok foglalásának alapegysége a node. A node-ok száma mellett meg kell adni az egy node-ra eső MPI processzek számát is:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=mpi
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=24
#SBATCH -o slurm.out
mpirun ./a.out

Az a.out OpenMPI-vel fordított program 2 node-on, összesen 48 szálon fog elindulni.

Maple

A Maple párhuzamos verziójának szüksége van egy un. kontroll szerverre, ezt indítja el a startserver parancs. Ezek után a joblauncher indítja a párhuzamos feldolgozást.

#SBATCH --job-name=maple
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=24
#SBATCH --licenses=maplegrid:1
${MAPLE}/toolbox/Grid/bin/startserver
${MAPLE}/toolbox/Grid/bin/joblauncher ${MAPLE}/toolbox/Grid/samples/Simple.mpl

MPI-OMP