Mingzefei / relax-vasp

private scripts about VASP to save life(temporarily stop update)

record of relax_prom

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@File : README.md @Time : 2022/03/05 21:12:52 @Auth : Ming([e-mail]) @Vers : 0.1 @Desc : 整理并重写VASP超算平台的个人脚本，重点在于规范、易迁移 @Refe : vtst·tools; url2

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20220610: 该项目暂时闲置，择期增改。

文件夹结构

• environment.sh 文件：路径、环境变量（环境变量hgbPATH为 ../relax 绝对路径）、环境等
• template 目录：其下为格式化文件，包括INCAR样板、统一的脚本文件等
• vtst 目录：其下为vtst·tools文件，主要在NEB计算中使用，为 old_relax/NEB 目录
• 计算前有关的脚本：输入文件生成、检查等
• 计算后有关的脚本：输出文件提取、整理结果等
• 其他

编程语言

尽量使用前人造好的轮子，维持原语言

计划

• environment.sh ：重写
• vtst ：完整复制；浏览，留意可用到的脚本
• VASP-script-master ：浏览，留意可用到的脚本
• template ：完整复制；核查
  • AIM_bcp.py test
• 个人脚本：整理、重写
  • nebzheng.sh test

常用脚本

• vtst : 常用脚本
  • vef.py : prints the force and energy for each ionic step of a vasp run
  • dist.pl : root sum squared distance between configuration files
  • nebefs.pl : force, energy etc of OUTCAR's in immediate subdir of present working directory
  • nebbarrier.pl : Generates the file neb.dat which contains the distance between images, the energy of each image, and the force along the band.
  • nebmovie.pl 0|1 : generate a movie from standard xyz files, generated either by POSCARs (flag=0) or CONTCARs (flag=1) in every directory
• VASP-script-master
  • ck : check inform before submit
  • dir2car.py file_1 file_2 ... : convert direct to cartesian (need VASP.py)
  • excoor.py step1 step2 ... : OUTCAR.pos(every atom's poscar and force of each ionic step) and POSCAR$step(step's poscar)
  • chgflag.py num_1,num_2,... T/F vaspfile : mark the num_1,num_2,... atoms with T or F(relax or fix)
  • nebvtst.py num_image : neb process info(every ionic step every image's energy, tangent_force, max_force)
  • VASP.py : basic functions

备注

• NEB可视化
  • Jsmol网页版
  • Jmol 需要 Java，暂不安装
  • nebopen.bat 批处理脚本不再使用，改为 WSL2 中 VESTA.exe *，结合 ctrl + 方向键 查看不同 image
• 能带、DOS 等可视化
  • p4vasp 已不再更新
  • WSL 2 需要图形化界面以支持 p4vasp
• vtst : 包含一些 DOS 脚本
• notes 和 history : 因 history 与 linux 命令冲突，改用 notes
• bader 计算 : 参考 Bader 电荷分析详解
  • 需要脚本 bader(编译) 和 chgsum.pl(vtst)
  • INCAR 设置 : LAECHG=.TRUE. 和 LCHARG=.TRUE. 生成 AECCAR0（原子核电荷）、AECCAR1、AECCAR2（价电荷）
  • ./chgsum.pl AECCAR0 AECCAR2 获得总电荷 CHGCAR_sum
  • ./bader CHGCAR -ref CHGCAR_sum 生成 ACF.dat、AVF.dat、BCF.dat，其中 ACF.dat 包含价电子电荷信息
  • 将 ACF.dat 中电荷与 POTCAR 中电荷相减，获得转移电荷

注意

• 有无固定原子，POSCAR和CONTCAR的行数不一样，影响位置文件的读取
  • idpp.py 和个人所写的 POSCAR 读取文件