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Jena Synthetic Clinical Corpus

JSynCC

This is the software to create the Jena Synthetic Clinical Corpus.

Installation and Reproduction of Results

• Subscribe the following text books (pdf) and load them into the given directories:

  • Siekmann, H., Irlenbusch, L., and Klima, S. (2016). Operationsberichte Orthopädie und Unfallchirurgie. Springer-Verlag. --> src/main/resources/books/01-Operationsberichte-Orthopaedie-und-Unfallchirurgie/

  • Siekmann, H. and Klima, S. (2013). Operationsberichte Orthopädie: mit speziellen unfallchirurgisch-orthopädischen Eingriffen. Springer-Verlag. --> src/main/resources/books/02-Operationsberichte-Orthopaedie/

  • Siekmann, H. and Irlenbusch, L. (2012). Operationsberichte Unfallchirurgie. Springer-Verlag. --> src/main/resources/books/03-Operationsberichte-Unfallchirurgie/

  • Hagen, Monika. (2005). Operationsberichte für Einsteiger-Chirurgie: Operation vorbereiten—Bericht diktieren. Georg Thieme Verlag. --> src/main/resources/books/04-Operationsberichte-fuer-Einsteiger/

  • Wenzel, V. (2015). Fallbeispiele Notfallmedizin: Einprägsam-spannend-mit Lerneffekt. Springer-Verlag. --> src/main/resources/books/05-Fallbeispiele-Notfallmedizin/

  • Eisoldt, S. (2017). Fallbuch Chirurgie: 140 Fälle aktiv bearbeiten. Georg Thieme Verlag, 5. unveränderte edition. --> src/main/resources/books/06-Fallbuch-Chirurgie

  • Hübler, M. and Koch, T. (2014). Komplikationen in der Anästhesie. Springer-Verlag. 3., überarb. u. erw. aufl. edition. --> src/main/resources/books/07-Komplikationen-in-der-Anaesthesie/

  • Machado, C. (2013). Patienten aus fremden Kulturen im Notarzt- und Rettungsdienst: Fallbeispiele und Praxistipps. Springer-Verlag. --> src/main/resources/books/08-Patienten-aus-fremden-Kulturen-im-Notarzt-und-Rettungsdienst-Fallbeispiele-und-Praxistipps/978-3-642-34869-3.pdf

  • Michael A. Thiel (2013). Fallbeispiele Augenheilkunde. Springer-Verlag. --> src/main/resources/books/09-Fallbeispiele-Augenheilkunde/

  • Hellmich, B. (2017). Fallbuch Innere Medizin. Georg Thieme Verlag, 5., vollständig überarbeitete Auflage. --> src/main/resources/books/10-Fallbuch-Innere-Medizin

• This code works under Linux. The command-line tools "pdftotext" and "pdftohtml" are required.

• Usage: Start BookReader.java and look into the directory /output (mvn exec:java -Dexec.mainClass="de.julielab.jsyncc.readbooks.BookReader" from the command line).

Licence

• MIT License: commercial use, modification, distribution, private use, no liability, no warranty

About JSynCC

• For more information look into the proceedings of LREC 2018:

  Christina Lohr ,Sven Buechel and Udo Hahn: Sharing Copies of Synthetic Clinical Corpora without Physical Distribution — A Case Study to Get Around IPRs and Privacy Constraints Featuring the German JSYNCC Corpus

If you publish with this corpus, please cite:

@InProceedings{LOHR18.701,
  author = {Christina Lohr ,Sven Buechel and Udo Hahn},
  title = {Sharing Copies of Synthetic Clinical Corpora without Physical Distribution — A Case Study to Get Around IPRs and Privacy Constraints Featuring the German JSYNCC Corpus},
  booktitle = {Proceedings of the Eleventh International Conference on Language Resources and Evaluation (LREC 2018)},
  year = {2018},
  month = {may},
  date = {7-12},
  publisher = {European Language Resources Association (ELRA)},
  isbn = {979-10-95546-00-9}
  }

Revision / Version 1.1 (02/2020)

• During a expansion we revised all classes of the original JSynCC. We have new counts of the corpus:

  • Books: 10

  • Text Documents: 903

  • Sentences: 29476

  • Tokens: 368389

  • Source: Siekmann, H., Irlenbusch, L., Klima, S. (2016). Operationsberichte Orthopädie und Unfallchirurgie.

    • Documents: 211 Sentences: 10990 Tokens: 111760

  • Source: Siekmann, H., Klima, S. (2013). Operationsberichte Orthopädie':' mit speziellen unfallchirurgisch-orthopädischen Eingriffen.

    • Documents: 71 Sentences: 3675 Tokens: 38099

  • Source: Siekmann, H., Irlenbusch, L. (2012). Operationsberichte Unfallchirurgie.

    • Documents: 55 Sentences: 2604 Tokens: 24676

  • Source: Hagen, M. (2005). Operationsberichte für Einsteiger-Chirurgie':' Operation vorbereiten—Bericht diktieren. Georg-Thieme-Verlag.

    • Documents: 62 Sentences: 1759 Tokens: 18460

  • Source: Eisoldt, S. (2017). Fallbuch Chirurgie':' 140 Fälle aktiv bearbeiten.

    • Documents: 140 Sentences: 700 Tokens: 10325

  • Source: Hellmich, B. (2017). Fallbuch Innere Medizin.

    • Documents: 150 Sentences: 1056 Tokens: 15638

  • Source: Wenzel, V. (2015). Fallbeispiele Notfallmedizin':' Einprägsam-spannend-mit Lerneffekt.

    • Documents: 96 Sentences: 2716 Tokens: 63109

  • Source: Hübler, M., Koch, T. (2014). Komplikationen in der Anästhesie.

    • Documents: 35 Sentences: 4607 Tokens: 63250

  • Source: Thiel, M.A., Bernauer, W., Schüpfer, M.Z., Schmid, M.K. (2013). Fallbeispiele Augenheilkunde.

    • Documents: 72 Sentences: 953 Tokens: 17171

  • Source: Machado, C. (2013). Patienten aus fremden Kulturen im Notarzt- und Rettungsdienst':' Fallbeispiele und Praxistipps.

    • Documents: 11 Sentences: 416 Tokens: 5901