Hier können Sie einen Workflow zur kollaborativen Analyse einer Datenbank von COVID-19 Patienten einsehen.
Dieses öffentliche Repository ist eine kursbegleitende Kollaboration von Kursteilnehmern aus dem Masterstudiengang BIDS der Graduate School Rhein-Neckar in Kooperation mit dem MIRACUM Konsortium der Medinzin-Informatik-Initiative.
Dieser neue Studiengang gliedert sich in die fünf Schwerpunkte Medizin, Informatik, Medizinische Informatik, Biomedical Data Science und Management & Social Skills. International anerkannte Dozent*innen aus der Patientenversorgung sowie Forschung und Lehre vermitteln die aktuellsten Methoden, Techniken und Entwicklungen.
In den sechs Kurswochen dieses Moduls wurden Grundlagen zu Pandas, Google Colaboratoy (Google Colab Books), NumPy, Python Matplotlib, Python SciPy, SQL und Arbeiten in Git vermittelt. Es wurden Inhalte zu Datenmanagement in der Medizin ( Strukturierte/Unstrukturierte Daten, Medizinische Datenquellen, Metadaten in der Medizin, Codierungssysteme/Klassifikationssysteme/Ontologien, Vergleichbarkeit), Daten-Architektur (Datenbank Arten OLAP/OLTP, Databank Schemata, Master Datenmanagement), Daten Extraktion und Integration ETL (Wie sieht ETL in der Praxis aus, Datawarehouse, Design Prinzipien einer Datawarehouse Data Mart) ein Workflow zur Anwendung von Machine Learning behandelt. Ebenso wurde die Dokumentation der Auswertung, das Erstellen einer Datenschutz-Folgenabschätzung eingeführt. Im Rahmen dieses Kursmoduls entstand in einer Teamarbeit aus drei Kursmitgliedern unter Anleitung, Begleitung und kontinuierlicher Prüfung von Dr. Maximilian Fünfgeld dieses Repository.
Wir hoffen, dass Sie Ihnen als Leser dieser Sammlung an Inhalten einen Mehrwert durch unsere Zusammenstellung dieses beispielhaften, collaborativen Auswertungsworkflows bieten.
