l# INSPI-articprotocol
- Burrows-Wheeler Aligner (bwa) --> gcc, make, zlib
- samtools, bcftools, htslib --> """"""
- tabix
[secuenciación] --> [bwa-mem] --> [samtools] --> [bcftools] --> [vcfutils] --> [bgzip] --> [tabix] --> [bcftools] --> [renameHeader.py]
El uso de los programas se los debe ejecutar de la siguiente forma:
Recomendaciones
- Crear una carpeta donde se va a llamar al paso #1.
- La carpeta principal va a contener una carpeta por cada muestra a procesar. Reproducir los pasos adentro del directorio de cada una de las muestras.
- Indexar el genoma de referencia
./bwa index [genomaRef.fa]
samtools faidx [genomaRef.fa]
- Alineamiento
./bwa mem [genomaRef.fa][muestraBarcode.fa] > [output.sam]- Conversión de formato SAM a BAM
samtools view -S -b [output.sam] > [output.bam]- Ordenar los alineamientos
samtools sort -o [output_sorted.bam] [output.bam] - Calcular la cobertura de las lecturas
bcftools mpileup -O b -o [raw.bcf] -f [genomaRef.fa] [output_sorted.bam]- Detectar el polimorfismo de nucleótido único
bcftools call --ploidy 1 -m -v -o [variant.vcf] [raw.bcf]- Comprimir [variant.vcf] y crear su archivo indexado
bgzip -c [variant.vcf] > [variant.vcf.gz]
tabix -p vcf [variant.vcf.gz]- Crear la secuencia de consenso
cat [genomaRef.fa] | bcftools consensus [variant.vcf.gz] > consensus.fa- Cambiar nombre del encabezado y archivo
renameHeader.py [consensus.fa] [nombre archivo y encabezado]